Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Col11a2-202ENSMUST00000114252 5620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Tsnax-201ENSMUST00000075896 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Nrxn1-206ENSMUST00000160800 5683 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm13283-201ENSMUST00000191112 1463 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dnal4-201ENSMUST00000023055 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ltbp1-201ENSMUST00000001927 6671 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Hint3-203ENSMUST00000161074 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Tbp-201ENSMUST00000014911 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Bcam-201ENSMUST00000003061 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Zfp219-212ENSMUST00000228580 2812 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Bicd2-201ENSMUST00000048544 6309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Synpo-206ENSMUST00000130360 5159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dcps-201ENSMUST00000034539 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Slain1-201ENSMUST00000069443 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm17509-201ENSMUST00000165680 2375 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Kcna6-204ENSMUST00000185333 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Fzd5-201ENSMUST00000063982 6915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Eda-202ENSMUST00000113775 5088 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ak3-201ENSMUST00000025696 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Hps5-202ENSMUST00000107653 4702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dguok-202ENSMUST00000113888 1007 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dguok-201ENSMUST00000014698 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Pnmt-201ENSMUST00000041301 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Olfr571-201ENSMUST00000061738 969 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Pla2g12b-201ENSMUST00000009790 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Slit1-201ENSMUST00000025993 5045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 A230103J11Rik-202ENSMUST00000156084 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Plekha8-202ENSMUST00000119706 6739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ankrd61-202ENSMUST00000110717 1498 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Sppl3-201ENSMUST00000031530 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Rptor-201ENSMUST00000026671 6594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Il11ra1-204ENSMUST00000108042 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Krt83-201ENSMUST00000023718 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gmnn-202ENSMUST00000110382 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Snrpf-201ENSMUST00000020203 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Cbr2-201ENSMUST00000026148 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Slc25a43-201ENSMUST00000047655 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Atp6v0a1-203ENSMUST00000103110 2716 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Klhdc8b-201ENSMUST00000035232 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Fmr1-205ENSMUST00000114656 4257 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Trip10-201ENSMUST00000019631 2224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Cdc25a-201ENSMUST00000094324 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Rgs3-203ENSMUST00000098031 2072 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Nsmf-207ENSMUST00000116574 2863 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Wdr41-203ENSMUST00000160115 2851 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Fbxl7-201ENSMUST00000059204 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dbnl-202ENSMUST00000102928 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Cgn-204ENSMUST00000155485 2361 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Cops7b-201ENSMUST00000027446 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.9 ms