Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Anp32a-201ENSMUST00000085519 2113 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Inhbc-201ENSMUST00000026472 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26547-201ENSMUST00000181186 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3gl2-203ENSMUST00000107188 2286 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Usf2-202ENSMUST00000108119 849 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Qdpr-204ENSMUST00000120867 1234 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 March3-201ENSMUST00000035278 860 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Tsfm-201ENSMUST00000040560 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Fam159a-201ENSMUST00000053157 593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr541-201ENSMUST00000080681 1103 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45277-201ENSMUST00000210549 1695 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Pcmt1-202ENSMUST00000159917 2491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 R3hdm4-202ENSMUST00000171416 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 4930481B07Rik-201ENSMUST00000128160 1089 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26664-201ENSMUST00000181140 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36584-201ENSMUST00000209046 708 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45683-201ENSMUST00000210825 1247 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 AC131709.1-201ENSMUST00000224731 1180 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Miox-201ENSMUST00000023282 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cabp1-201ENSMUST00000031519 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp385b-202ENSMUST00000111829 2073 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc4-201ENSMUST00000045884 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 A230087F16Rik-202ENSMUST00000181561 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Irx4-202ENSMUST00000176684 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Slc11a1-201ENSMUST00000027368 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j2-203ENSMUST00000105581 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45799-202ENSMUST00000106786 409 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13849-201ENSMUST00000153328 835 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl30-202ENSMUST00000079735 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Tbrg4-212ENSMUST00000189268 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim7-206ENSMUST00000131306 1915 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox2-206ENSMUST00000227314 1810 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Tacc3-203ENSMUST00000114426 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16156-201ENSMUST00000141168 713 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cox7a2l-201ENSMUST00000025095 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Mark3-202ENSMUST00000084953 3365 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Coq8b-201ENSMUST00000003860 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cdca3-201ENSMUST00000024270 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Phykpl-201ENSMUST00000020625 1609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Dlk1-203ENSMUST00000109842 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14057-201ENSMUST00000120631 482 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15655-201ENSMUST00000134649 440 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9682-201ENSMUST00000197505 556 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm3-204ENSMUST00000212081 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm8-201ENSMUST00000047013 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Timm10b-201ENSMUST00000058333 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9949-201ENSMUST00000067743 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Mycbp-201ENSMUST00000030400 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Tbxas1-201ENSMUST00000003017 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Phb2-201ENSMUST00000004375 1318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 1700029J07Rik-202ENSMUST00000098786 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd6-202ENSMUST00000170111 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Rala-201ENSMUST00000009003 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gstt2-201ENSMUST00000038257 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Mir3113-201ENSMUST00000175478 76 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 9130024F11Rik-204ENSMUST00000187927 517 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17968-201ENSMUST00000194902 784 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufv3-202ENSMUST00000064798 485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 A830031A19Rik-201ENSMUST00000068360 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm5-203ENSMUST00000081219 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd10-201ENSMUST00000033905 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cetn4-205ENSMUST00000140956 2981 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38318-201ENSMUST00000195769 1706 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-207ENSMUST00000116574 2863 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Fscn1-207ENSMUST00000198017 2157 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Tsnax-201ENSMUST00000075896 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Best4-ps-201ENSMUST00000129783 1380 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7292-201ENSMUST00000194706 2527 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20481-201ENSMUST00000173680 564 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Fam71e1-204ENSMUST00000205422 366 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44662-201ENSMUST00000206970 412 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Mycs-201ENSMUST00000058404 2368 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc2-201ENSMUST00000053862 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Hey2-201ENSMUST00000019924 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Sppl3-201ENSMUST00000031530 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Crtac1-201ENSMUST00000048630 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Siva1-202ENSMUST00000109755 333 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 1110035H17Rik-202ENSMUST00000205672 1231 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 AC159295.1-201ENSMUST00000225326 940 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 AC131104.1-201ENSMUST00000222118 1739 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Car7-201ENSMUST00000056051 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Twf2-201ENSMUST00000024047 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Akap8l-201ENSMUST00000050214 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Relt-201ENSMUST00000008462 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.2 ms