Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Bpifa3-201ENSMUST00000028984 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Hbb-bt-201ENSMUST00000098192 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Bicdl1-201ENSMUST00000055408 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Ptgis-201ENSMUST00000018113 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Il10rb-201ENSMUST00000023691 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Slc25a20-201ENSMUST00000035222 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Large1-204ENSMUST00000212459 4746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Dtx2-203ENSMUST00000111144 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Sh2b3-201ENSMUST00000040308 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Large2-215ENSMUST00000176810 2477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Gm15677-201ENSMUST00000152302 766 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Gm26549-201ENSMUST00000181112 1209 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Nodal-201ENSMUST00000049339 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Adnp2-201ENSMUST00000066743 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Dtx2-201ENSMUST00000005072 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Phkg2-202ENSMUST00000121004 1840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Mef2d-203ENSMUST00000107559 1791 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Rap1gap-202ENSMUST00000097837 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Gm36858-201ENSMUST00000194501 2391 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Hap1-201ENSMUST00000103124 2120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Stk35-202ENSMUST00000166282 5445 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Ndufb6-202ENSMUST00000108108 480 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Entpd4-205ENSMUST00000184314 989 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Krtcap3-208ENSMUST00000201937 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Gm6296-201ENSMUST00000222599 943 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Entpd4b-201ENSMUST00000064846 989 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Sufu-202ENSMUST00000111867 1747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Usp49-201ENSMUST00000024779 8252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 1700066B19Rik-201ENSMUST00000097617 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Prr14-201ENSMUST00000033095 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Traf1P39428 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Golga7b-201ENSMUST00000087123 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Traf1P39428 Thap3-202ENSMUST00000105665 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Ino80dos-204ENSMUST00000188602 678 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm28411-202ENSMUST00000191318 464 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm26646-202ENSMUST00000205705 439 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Rfc4-201ENSMUST00000023598 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm10190-201ENSMUST00000086549 324 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Acp7-201ENSMUST00000040112 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Dancr-204ENSMUST00000132389 2347 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm10435-202ENSMUST00000162526 2878 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Uso1-201ENSMUST00000031355 3898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm18856-201ENSMUST00000178096 1374 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 4930519L02Rik-201ENSMUST00000197683 619 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm44202-201ENSMUST00000203549 532 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm2270-201ENSMUST00000222858 797 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Fam131b-201ENSMUST00000031891 4065 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Cyp2w1-201ENSMUST00000031521 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Fcho1-209ENSMUST00000146100 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Ikbke-204ENSMUST00000161764 2867 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Traf1P39428 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.7 ms