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| RUNX3 | Q13761 | AC092747.3-201 | ENST00000603769 | 301 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004852.3-201 | ENST00000614131 | 326 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010378.1-201 | ENST00000619270 | 362 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022418.1-201 | ENST00000624118 | 445 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC110079.1-202 | ENST00000635213 | 138 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FO624990.1-201 | ENST00000636373 | 85 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC008669.1-201 | ENST00000565823 | 2178 nt | BASIC | 2.22 | □□□□□ -2.05 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | OR8K3-204 | ENST00000641689 | 2380 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | ZBBX-204 | ENST00000392767 | 3071 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-607P-201 | ENST00000411283 | 108 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC004486.1-201 | ENST00000546846 | 233 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC002044.1-201 | ENST00000606707 | 158 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009318.2-201 | ENST00000610917 | 651 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RMST_4.1-201 | ENST00000616886 | 107 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC138627.2-201 | ENST00000624202 | 601 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U6.99-201 | ENST00000637524 | 83 nt | BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAR1-204 | ENST00000532502 | 5820 nt | TSL 2 BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ASPM-202 | ENST00000367408 | 3747 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.21 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UHMK1-204 | ENST00000545294 | 8117 nt | TSL 2 BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SACS-201 | ENST00000382292 | 15324 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356292.1-201 | ENST00000283110 | 373 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.160-201 | ENST00000363677 | 92 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.399-201 | ENST00000383955 | 105 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA48.3-201 | ENST00000391081 | 134 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC138393.2-201 | ENST00000414742 | 246 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | U51244.1-201 | ENST00000423120 | 374 nt | TSL 3 BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | OARD1-209 | ENST00000471367 | 401 nt | TSL 2 BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RPS27P26-201 | ENST00000494583 | 239 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL049775.2-201 | ENST00000557547 | 558 nt | TSL 4 BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MIR548S-201 | ENST00000581352 | 82 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC018638.8-201 | ENST00000588755 | 281 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC123912.5-201 | ENST00000605470 | 343 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121757.2-201 | ENST00000611223 | 313 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6134-201 | ENST00000617606 | 109 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010297.1-201 | ENST00000623948 | 149 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CDC27P3-201 | ENST00000635418 | 1910 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LIFR-201 | ENST00000263409 | 10089 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EMCN-202 | ENST00000305864 | 1575 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.157-201 | ENST00000363638 | 102 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-266P-201 | ENST00000364225 | 107 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.279-201 | ENST00000364763 | 95 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-434P-201 | ENST00000384376 | 107 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CTNNA2-204 | ENST00000409266 | 432 nt | TSL 3 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP118-201 | ENST00000410385 | 109 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-49P-201 | ENST00000410666 | 184 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL117337.1-201 | ENST00000412789 | 444 nt | TSL 3 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC016831.2-201 | ENST00000417179 | 352 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009414.1-201 | ENST00000427200 | 443 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL445488.1-202 | ENST00000430623 | 545 nt | TSL 3 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL451060.1-203 | ENST00000431307 | 362 nt | TSL 3 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL627311.1-201 | ENST00000431514 | 115 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL445646.1-201 | ENST00000431784 | 216 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL135923.2-201 | ENST00000435444 | 501 nt | TSL 2 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01650-201 | ENST00000438093 | 602 nt | TSL 2 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO3P18-201 | ENST00000440206 | 761 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091885.1-201 | ENST00000506658 | 268 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |