Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm7775-201ENSMUST00000218871 853 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Prkag1-201ENSMUST00000168846 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Fcnb-202ENSMUST00000117486 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Atp6v1f-203ENSMUST00000149646 806 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 AC154239.3-201ENSMUST00000226933 674 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Ext2-212ENSMUST00000184931 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Rcn3-208ENSMUST00000211352 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm8602-201ENSMUST00000184045 607 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm28630-201ENSMUST00000187806 498 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm26681-201ENSMUST00000180851 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gstm7-201ENSMUST00000004137 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Serhl-201ENSMUST00000078218 1371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 1700110K17Rik-202ENSMUST00000156511 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Olfr750-201ENSMUST00000048478 1132 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm6180-201ENSMUST00000065243 498 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm26669-201ENSMUST00000181323 1808 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Mrps18c-201ENSMUST00000016977 638 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm17344-202ENSMUST00000173980 621 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Epn1-207ENSMUST00000208634 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Tox2-205ENSMUST00000165937 1675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Med18-201ENSMUST00000102567 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm6973-201ENSMUST00000117080 721 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm8410-201ENSMUST00000117225 605 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Olfr1344-201ENSMUST00000168341 1061 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Gm9063-201ENSMUST00000223299 582 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Scn4aQ9ER60 Mettl26-203ENSMUST00000163356 534 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Mturn-202ENSMUST00000187701 503 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 AC149294.4-201ENSMUST00000227870 882 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Zfp821-203ENSMUST00000212000 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Syt8-201ENSMUST00000097939 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Pltp-201ENSMUST00000059954 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Phf14-201ENSMUST00000090632 3985 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Dpp7-201ENSMUST00000028332 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Snrnp27-202ENSMUST00000113683 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Ntan1-202ENSMUST00000115805 984 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 H2afb1-201ENSMUST00000122446 348 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Fkbp2-202ENSMUST00000177752 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Crybb2-201ENSMUST00000031295 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Fkbp2-201ENSMUST00000070878 642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 H60b-201ENSMUST00000105522 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm15321-201ENSMUST00000121290 288 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 AI467606-202ENSMUST00000206102 832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm6218-201ENSMUST00000219812 628 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Zfp706-204ENSMUST00000226671 447 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Nudt17-201ENSMUST00000029742 1039 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Eef1akmt2-201ENSMUST00000033257 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 P2ry1-203ENSMUST00000193943 2203 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Tmem214-201ENSMUST00000114716 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 0610010K14Rik-204ENSMUST00000102569 778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Ctnnbip1-202ENSMUST00000105692 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm11478-201ENSMUST00000117851 599 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm2810-201ENSMUST00000118681 990 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Pkig-209ENSMUST00000164399 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Tspan32-211ENSMUST00000207211 1220 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Klk5-201ENSMUST00000048444 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Rpl13a-ps1-201ENSMUST00000071866 612 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Twf2-204ENSMUST00000188650 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm11620-201ENSMUST00000118770 1845 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Procr-201ENSMUST00000029140 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Slc35g3-201ENSMUST00000102586 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gps1-207ENSMUST00000172809 2000 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm25144-201ENSMUST00000179561 110 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm25352-201ENSMUST00000179815 110 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm20033-203ENSMUST00000180912 796 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.5 ms