Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc9-201ENSMUST00000022345 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc88bQ4QRL3 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Ccdc88bQ4QRL3 D930048G16Rik-201ENSMUST00000180975 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Ccdc88bQ4QRL3 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Vps25-203ENSMUST00000100414 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rbmx-206ENSMUST00000143310 1296 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15635-203ENSMUST00000148972 554 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-213ENSMUST00000148469 1618 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Glrx2-210ENSMUST00000185362 3337 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Cpq-201ENSMUST00000042167 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Poli-203ENSMUST00000159389 2662 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Pi4kb-202ENSMUST00000107251 2895 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Cops7b-201ENSMUST00000027446 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13403-202ENSMUST00000134271 674 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45167-201ENSMUST00000208007 322 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd14-201ENSMUST00000028278 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp862-ps-203ENSMUST00000203848 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo33-201ENSMUST00000043204 3688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm128-201ENSMUST00000090815 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Tasp1-201ENSMUST00000046656 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc47-201ENSMUST00000030894 3395 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rab10os-206ENSMUST00000179908 746 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7229-201ENSMUST00000214719 1007 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Timm9-205ENSMUST00000221178 529 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps36-202ENSMUST00000078573 571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf13-205ENSMUST00000198214 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Washc3-202ENSMUST00000171151 837 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20680-201ENSMUST00000176881 789 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 AC225888.1-201ENSMUST00000227184 728 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl2l12-201ENSMUST00000003290 1075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 AC115863.1-201ENSMUST00000214815 1813 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Adss-201ENSMUST00000016105 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rps6ka1-202ENSMUST00000105894 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Spag16-201ENSMUST00000065425 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Spock3-204ENSMUST00000119068 3201 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Fjx1-201ENSMUST00000099678 3134 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Pomgnt2-206ENSMUST00000216669 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Grwd1-202ENSMUST00000131384 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 0610025J13Rik-201ENSMUST00000131324 652 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 C920006O11Rik-201ENSMUST00000180974 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Letmd1-201ENSMUST00000037001 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Clns1a-201ENSMUST00000026506 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Umad1-202ENSMUST00000159335 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45774-201ENSMUST00000211992 2665 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14822-201ENSMUST00000122247 291 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Pcp2-205ENSMUST00000142431 524 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Wt1-205ENSMUST00000143043 3090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Nptn-211ENSMUST00000177064 582 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45208-202ENSMUST00000208156 1153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31545-201ENSMUST00000209358 1219 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf2-204ENSMUST00000213809 1883 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgn1-201ENSMUST00000050884 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl28-202ENSMUST00000078432 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Atp2c1-205ENSMUST00000163879 2408 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rab34-203ENSMUST00000108322 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Abi2-206ENSMUST00000188594 1658 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha4-202ENSMUST00000209517 2577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 BC051019-202ENSMUST00000106735 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Sucla2-203ENSMUST00000160507 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15358-201ENSMUST00000119249 520 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Sumo3-204ENSMUST00000129492 487 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Psma6-204ENSMUST00000163070 787 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Timm9-202ENSMUST00000166120 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf4-203ENSMUST00000172525 1276 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Timm9-207ENSMUST00000221559 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Timm9-209ENSMUST00000221815 1193 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gsdmcl1-201ENSMUST00000071847 1133 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Fam83f-201ENSMUST00000023044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Vim-201ENSMUST00000028062 2193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Krt6a-201ENSMUST00000023788 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Bpifb5-201ENSMUST00000045959 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2b-203ENSMUST00000110143 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr160-207ENSMUST00000166278 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Etfrf1-204ENSMUST00000111723 842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11185-201ENSMUST00000117732 1007 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Tcp1-207ENSMUST00000143961 614 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv1-15-201ENSMUST00000192077 351 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm20l-201ENSMUST00000021482 578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 AC158538.2-201ENSMUST00000225455 906 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Ccdc88bQ4QRL3 Idh2-201ENSMUST00000107384 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf9-201ENSMUST00000022545 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms