Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

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Length 339 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gnaz-201ENSMUST00000037813 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tatdn2-202ENSMUST00000113022 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tekt1-202ENSMUST00000108502 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Polr2f-201ENSMUST00000040077 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Slc2a13-202ENSMUST00000109283 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Nrros-201ENSMUST00000099991 2548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tmem87b-201ENSMUST00000110325 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Aldh5a1-201ENSMUST00000037615 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tmem214-201ENSMUST00000114716 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Fbrsl1-201ENSMUST00000056124 2700 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Hspa1b-201ENSMUST00000172753 2803 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Akt2-214ENSMUST00000167435 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Slk-201ENSMUST00000026043 7278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Hoxd9P28357 Rnf170-208ENSMUST00000153528 1026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Hoxd9P28357 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Kcnq2-205ENSMUST00000103048 2827 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Crem-203ENSMUST00000082141 2820 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ankrd29-201ENSMUST00000118525 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Comp-201ENSMUST00000003659 2416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ivns1abp-203ENSMUST00000111887 2783 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Large1-202ENSMUST00000119826 4647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mier2-203ENSMUST00000165028 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tmem94-202ENSMUST00000103033 5238 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Cobll1-205ENSMUST00000112431 5024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gm15372-201ENSMUST00000120729 834 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Slc25a43-201ENSMUST00000047655 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Tcp1-209ENSMUST00000151287 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Hoxd9P28357 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms