Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Eapp-203ENSMUST00000160085 676 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm1818-201ENSMUST00000169406 1184 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Hmgb1-rs17-201ENSMUST00000210634 972 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Rps4l-201ENSMUST00000071745 943 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gas6-201ENSMUST00000033828 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Arntl-204ENSMUST00000210238 2976 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Vps72-201ENSMUST00000009102 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Lgr6-201ENSMUST00000044828 6675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ewsr1-203ENSMUST00000079949 2588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Fmnl3-202ENSMUST00000088233 4423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Aipl1-201ENSMUST00000048207 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mettl27-204ENSMUST00000111219 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mtfr1l-202ENSMUST00000116279 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd29-201ENSMUST00000118525 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Rab37-202ENSMUST00000067754 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Lhfp-203ENSMUST00000147139 1932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen15-201ENSMUST00000015124 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15677-201ENSMUST00000152302 766 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ciao1-204ENSMUST00000174030 1109 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cmtm5-203ENSMUST00000227441 610 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Antxr2-201ENSMUST00000031281 5656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cnppd1-208ENSMUST00000190679 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gnaz-201ENSMUST00000037813 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Wdtc1-201ENSMUST00000043305 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pigt-201ENSMUST00000103101 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx51-201ENSMUST00000031478 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Osbpl1a-205ENSMUST00000119512 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ift74-202ENSMUST00000107104 1713 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Lrch3-211ENSMUST00000170899 2752 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem229a-201ENSMUST00000127247 5157 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Dhodh-209ENSMUST00000143900 1455 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Slco3a1-201ENSMUST00000026897 4589 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a3-202ENSMUST00000100130 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12216-201ENSMUST00000117316 1152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18206-201ENSMUST00000207027 926 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9449-201ENSMUST00000207265 1011 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pigl-201ENSMUST00000014389 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Rsph6a-202ENSMUST00000076887 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Dok4-201ENSMUST00000046461 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cd5-201ENSMUST00000025571 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn7-203ENSMUST00000108596 664 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26549-201ENSMUST00000181112 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17509-201ENSMUST00000165680 2375 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr13-202ENSMUST00000115623 1749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Emc8-201ENSMUST00000034277 4942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Kank1-201ENSMUST00000049400 5637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Csk-201ENSMUST00000034863 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Efr3a-201ENSMUST00000015146 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Dnaaf3-201ENSMUST00000094897 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cmtm3-201ENSMUST00000034343 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk9-202ENSMUST00000120105 1565 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Trhde-201ENSMUST00000061632 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Nrn1l-202ENSMUST00000118920 603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ptgis-201ENSMUST00000018113 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 AV026068-207ENSMUST00000187718 400 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 72.5 ms