Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Pou2f2-201ENSMUST00000098679 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Cct8-201ENSMUST00000026704 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Pfkfb4-201ENSMUST00000051873 3316 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Arl4c-202ENSMUST00000159814 3997 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Fmnl2-202ENSMUST00000050719 3380 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Tatdn2-202ENSMUST00000113022 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Pex11a-201ENSMUST00000032761 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Osbpl1a-208ENSMUST00000121888 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Psen2-205ENSMUST00000111108 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Slc46a1-201ENSMUST00000001126 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Fbrsl1-201ENSMUST00000056124 2700 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Adal-203ENSMUST00000110662 1231 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm15794-201ENSMUST00000120182 631 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Cda-201ENSMUST00000030535 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm20628-201ENSMUST00000177363 3215 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Plekha4-202ENSMUST00000209517 2577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Gpr137b-201ENSMUST00000021738 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ShhQ62226 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Osbpl1a-205ENSMUST00000119512 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Kctd12-202ENSMUST00000184744 6057 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Camk2d-226ENSMUST00000199300 5524 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Exoc8-201ENSMUST00000098312 4598 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Mansc4-201ENSMUST00000100780 1125 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Hnrnpa1l2-ps-201ENSMUST00000129154 964 ntBASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Tex30-213ENSMUST00000156392 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Sclt1-201ENSMUST00000026866 3005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Fmnl3-201ENSMUST00000081224 4137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Celf6-204ENSMUST00000121266 2610 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 March2-201ENSMUST00000066121 3400 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ShhQ62226 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Cdca7-201ENSMUST00000102691 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Tead3-201ENSMUST00000114799 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Akap8l-201ENSMUST00000050214 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Speg-202ENSMUST00000113587 1254 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm11594-201ENSMUST00000122313 162 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Ndufb7-201ENSMUST00000036996 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Olfr1232-201ENSMUST00000099785 936 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Grk6-202ENSMUST00000099482 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Nadk-203ENSMUST00000105613 3152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Pi4k2a-201ENSMUST00000066778 3771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Synpo-206ENSMUST00000130360 5159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Nrxn1-206ENSMUST00000160800 5683 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Klhl29-201ENSMUST00000020958 7041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ShhQ62226 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Inpp5f-201ENSMUST00000043138 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Leprotl1-201ENSMUST00000033910 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Hnrnpll-205ENSMUST00000184635 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ShhQ62226 Dnajc24-201ENSMUST00000102555 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 A230065H16Rik-201ENSMUST00000150384 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Sardhos-201ENSMUST00000170435 265 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm8000-201ENSMUST00000188378 592 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.1 ms