Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Gm3248-201ENSMUST00000163885 2055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Helt-201ENSMUST00000058636 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Gm20460-201ENSMUST00000168709 1572 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 D17Wsu92e-202ENSMUST00000114859 3522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 A830018L16Rik-201ENSMUST00000048613 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Kctd12-202ENSMUST00000184744 6057 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Fubp3-201ENSMUST00000055244 3648 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Met-203ENSMUST00000115443 6809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Lamtor5-201ENSMUST00000145735 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Hmg20b-213ENSMUST00000167481 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Arfip2-212ENSMUST00000209550 1141 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Arfip2-214ENSMUST00000210911 938 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Fem1b-201ENSMUST00000034775 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Ptpa-201ENSMUST00000042055 2586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 1700066M21Rik-201ENSMUST00000042734 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Angptl8-201ENSMUST00000058777 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Taz-201ENSMUST00000069722 1851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Mmp14-201ENSMUST00000089688 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Eda-202ENSMUST00000113775 5088 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Stxbp6-201ENSMUST00000053768 4553 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Cab39-202ENSMUST00000113360 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Papd4-205ENSMUST00000225868 3081 ntAPPRIS ALT1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Cuedc1-201ENSMUST00000018522 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Gprin1-201ENSMUST00000099506 4141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Bcor-203ENSMUST00000115512 6887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Pcsk6-201ENSMUST00000055576 4405 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Ppp2r2a-204ENSMUST00000225380 1988 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Tlnrd1-201ENSMUST00000094216 4433 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Neo1-201ENSMUST00000068664 7379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Mief1-202ENSMUST00000166030 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CtcfQ61164 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Gm21057-201ENSMUST00000206022 670 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Mpped1-201ENSMUST00000046168 3265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Slc8b1-202ENSMUST00000076051 2661 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Psmd8-201ENSMUST00000059642 1540 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Kif5b-201ENSMUST00000025083 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Clip2-202ENSMUST00000100647 4994 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Dusp14-205ENSMUST00000164891 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Hdac2-202ENSMUST00000105510 3250 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Rfx5-202ENSMUST00000107253 4367 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Hnrnpu-201ENSMUST00000037748 7640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Nprl3-201ENSMUST00000020530 2865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Tes-202ENSMUST00000115467 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Pcolce-202ENSMUST00000054564 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Rnf139-201ENSMUST00000036904 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Strn4-201ENSMUST00000019220 3535 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CtcfQ61164 Hcfc2-201ENSMUST00000020478 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.8 ms