Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Nrros-201ENSMUST00000099991 2548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Sdc1-205ENSMUST00000171158 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Ndufa12-201ENSMUST00000020209 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Adam15-202ENSMUST00000074582 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Podn-203ENSMUST00000106709 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 1190002N15Rik-201ENSMUST00000113028 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Ppt1-201ENSMUST00000030412 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Mmp17-201ENSMUST00000031390 6422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Unc13b-201ENSMUST00000079978 6354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Emilin3-202ENSMUST00000109454 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Rell1-204ENSMUST00000154169 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Tm9sf1-204ENSMUST00000121937 2398 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Pnkp-203ENSMUST00000107876 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Plpp7-201ENSMUST00000057423 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Prss54-201ENSMUST00000052690 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Smarcc1-204ENSMUST00000197984 3538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Col11a2-202ENSMUST00000114252 5620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Slc32a1-201ENSMUST00000045738 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Edem2-201ENSMUST00000040833 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Cpne6-207ENSMUST00000171643 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Sgsm2-201ENSMUST00000057631 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Rpl5-201ENSMUST00000082223 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Papolb-201ENSMUST00000099400 4239 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm40773-201ENSMUST00000218113 1502 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm21362-201ENSMUST00000194272 928 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Fam222b-202ENSMUST00000100782 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Oas1g-201ENSMUST00000086368 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Dnajc3-201ENSMUST00000022734 5141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Insc-201ENSMUST00000117543 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Cdkn1a-201ENSMUST00000023829 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Kif5b-201ENSMUST00000025083 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Tfap2d-201ENSMUST00000037294 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Layn-201ENSMUST00000098782 1786 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Smad1-203ENSMUST00000109885 3775 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Celf1-206ENSMUST00000111451 4678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Hps5-202ENSMUST00000107653 4702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Slc35e4-202ENSMUST00000109995 3063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Slc35e4-201ENSMUST00000051207 3059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Zswim8-201ENSMUST00000022358 6073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Pde4b-208ENSMUST00000106911 3020 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 D930048G16Rik-201ENSMUST00000180975 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 4933436I20Rik-201ENSMUST00000189405 1434 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 9430015G10Rik-208ENSMUST00000169550 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 P2ry6-201ENSMUST00000060174 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Usp4P35123 Impdh1-205ENSMUST00000160878 2314 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms