Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Rfx5-201ENSMUST00000029772 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Slc41a3-202ENSMUST00000044019 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Smarcd1-201ENSMUST00000023759 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ptpdc1-201ENSMUST00000035824 4402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tubgcp4-202ENSMUST00000110657 1992 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Zfp444-201ENSMUST00000054680 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Fam69a-201ENSMUST00000031198 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tnfaip2-202ENSMUST00000109792 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Malt1-201ENSMUST00000049248 5073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Samd14-201ENSMUST00000055947 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ddi2-201ENSMUST00000102484 9553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tada3-201ENSMUST00000032410 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Papd5-202ENSMUST00000118952 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dmpk-202ENSMUST00000108473 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Irf3-201ENSMUST00000003284 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm26823-201ENSMUST00000181425 2361 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Sox13-201ENSMUST00000094551 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Igsf11-201ENSMUST00000023478 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Trim62-201ENSMUST00000035667 3752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Spsb2-202ENSMUST00000052727 1219 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Igdcc4-202ENSMUST00000077696 6361 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Agbl3-204ENSMUST00000115016 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Agbl3-205ENSMUST00000115017 3719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ccno-201ENSMUST00000038404 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm37437-201ENSMUST00000194451 1937 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Sacs-204ENSMUST00000121091 4581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Fam126a-202ENSMUST00000101513 1679 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Slc22a15-207ENSMUST00000190824 3010 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Sclt1-201ENSMUST00000026866 3005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Lire1P11260 A330035P11Rik-202ENSMUST00000144926 3074 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Racgap1-213ENSMUST00000171702 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Brpf1-203ENSMUST00000113121 4603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Stpg1-201ENSMUST00000063707 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Ralbp1-201ENSMUST00000024905 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Eif2ak3-201ENSMUST00000034093 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Nanos1-201ENSMUST00000088237 3927 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Agfg1-205ENSMUST00000187899 2078 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Ncf1-201ENSMUST00000016094 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Lire1P11260 Gm16835-201ENSMUST00000140488 2809 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 71.5 ms