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| CNTN1 | Q12860 | AC073544.2-201 | ENST00000601155 | 540 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC080078.1-201 | ENST00000603643 | 410 nt | TSL 3 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC135507.1-201 | ENST00000607214 | 561 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CNTN1 | Q12860 | C17orf112-201 | ENST00000623702 | 835 nt | TSL 2 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC090617.7-201 | ENST00000623952 | 126 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AL109837.2-201 | ENST00000632608 | 295 nt | TSL 3 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | AL136360.1-201 | ENST00000503377 | 1900 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | APOH-201 | ENST00000205948 | 1176 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | U8.3-201 | ENST00000363321 | 132 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | RNU6-701P-201 | ENST00000384059 | 107 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | AL139397.2-201 | ENST00000404529 | 772 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | ATP5F1P5-201 | ENST00000526403 | 760 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC011979.2-201 | ENST00000527568 | 352 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AP002453.2-201 | ENST00000533503 | 320 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | AL161757.2-201 | ENST00000553800 | 421 nt | TSL 3 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC012379.1-201 | ENST00000558304 | 406 nt | TSL 3 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC016987.2-201 | ENST00000560696 | 351 nt | TSL 3 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | SEPT7P9-203 | ENST00000604116 | 343 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | UBE2Q2P2-203 | ENST00000613592 | 761 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AL445584.2-201 | ENST00000614030 | 616 nt | TSL 5 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AP001506.1-201 | ENST00000615444 | 211 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | C3orf49-203 | ENST00000616659 | 876 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC084035.1-201 | ENST00000634543 | 607 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | PSMD5-AS1-215 | ENST00000640622 | 205 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | MIR449A-201 | ENST00000362113 | 91 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | SNORA14A-201 | ENST00000364773 | 135 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RNY4P34-201 | ENST00000364779 | 95 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RNU6-1035P-201 | ENST00000384477 | 107 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | MIR9-1-201 | ENST00000385198 | 89 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RPL23AP32-201 | ENST00000395315 | 459 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RNU6-248P-201 | ENST00000410720 | 107 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AL451074.5-201 | ENST00000415894 | 435 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AFDN-AS1-202 | ENST00000417244 | 182 nt | TSL 2 BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | BTF3L4P3-201 | ENST00000418879 | 476 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | ZNF90P2-204 | ENST00000419323 | 1075 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | HSPE1P1-201 | ENST00000421494 | 318 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | AC010153.1-201 | ENST00000432862 | 727 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | AC087439.1-201 | ENST00000517920 | 398 nt | TSL 3 BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AP006587.4-201 | ENST00000526053 | 529 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CNTN1 | Q12860 | DUXAP4-201 | ENST00000603046 | 613 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC079089.3-201 | ENST00000603094 | 673 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | CEP164P1-207 | ENST00000608660 | 504 nt | TSL 5 BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC090115.4-201 | ENST00000609970 | 188 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AL020991.1-201 | ENST00000612314 | 373 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC010338.1-201 | ENST00000621823 | 717 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | TEX21P-201 | ENST00000447107 | 1476 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC022336.2-201 | ENST00000568966 | 2538 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RBBP8-202 | ENST00000360790 | 2962 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | GRAMD1C-202 | ENST00000440446 | 3475 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | AC092435.3-201 | ENST00000565538 | 3654 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | OLFM3-206 | ENST00000536598 | 2801 nt | TSL 5 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | FOXP2-210 | ENST00000403559 | 6415 nt | TSL 2 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | MLIP-AS1-201 | ENST00000434196 | 1534 nt | TSL 2 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RPL9P7-201 | ENST00000330965 | 580 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | FTLP6-201 | ENST00000355274 | 422 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RNU5E-6P-201 | ENST00000365574 | 115 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | MIR196B-201 | ENST00000384852 | 84 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | TRAJ59-201 | ENST00000390480 | 54 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RPS4XP8-201 | ENST00000402039 | 771 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| CNTN1 | Q12860 | RNU2-8P-201 | ENST00000410727 | 190 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |