Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Cadm3-201ENSMUST00000005470 2518 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Zfp688-201ENSMUST00000106300 1015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 E530001F21Rik-201ENSMUST00000120991 730 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Gm28050-201ENSMUST00000124394 449 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Nudt6-208ENSMUST00000146324 1264 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Coa3-201ENSMUST00000017332 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 AC090659.1-201ENSMUST00000224334 768 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 March3-201ENSMUST00000035278 860 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Chmp2a-201ENSMUST00000005711 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Tle3-211ENSMUST00000161689 2836 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Ppp2r1b-211ENSMUST00000176798 2074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Tmem94-202ENSMUST00000103033 5238 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 A530016L24Rik-202ENSMUST00000223266 1547 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Rasd2-201ENSMUST00000132133 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Triqk-201ENSMUST00000143186 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 1700023H06Rik-201ENSMUST00000161006 1044 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Rps13-ps1-201ENSMUST00000183478 538 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Tmem270-202ENSMUST00000201316 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Ten1-201ENSMUST00000021130 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Gm10175-201ENSMUST00000086013 645 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Mrgpra9-201ENSMUST00000098436 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Dag1-201ENSMUST00000080435 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Wnt10b-204ENSMUST00000226655 1807 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Gjb1-203ENSMUST00000119190 1585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 2210016L21Rik-201ENSMUST00000031538 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Col6a1Q04857 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Zfp512b-201ENSMUST00000108789 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Tbc1d9b-202ENSMUST00000101270 5213 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Haghl-211ENSMUST00000150324 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm27628-201ENSMUST00000184911 107 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 4931406C07Rik-209ENSMUST00000217042 691 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Avl9-201ENSMUST00000031805 6670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Slc25a2-201ENSMUST00000058635 1369 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Mapk1-202ENSMUST00000069107 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm26608-201ENSMUST00000180740 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Klk6-202ENSMUST00000107967 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Usf2-202ENSMUST00000108119 849 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm17114-201ENSMUST00000164716 511 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Grtp1-201ENSMUST00000165605 1271 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm4189-202ENSMUST00000174167 367 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Rbm14-203ENSMUST00000180008 370 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm21887-203ENSMUST00000180251 531 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Gm6550-201ENSMUST00000187574 993 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
Col6a1Q04857 Ndufaf2-202ENSMUST00000223734 556 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.9 ms