Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Kcnc1-201ENSMUST00000025202 7760 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Rhd-201ENSMUST00000030627 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 P2ry2-206ENSMUST00000208340 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tead3-201ENSMUST00000114799 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cblb-201ENSMUST00000114471 6648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ccdc71l-201ENSMUST00000172332 4240 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tbx3-202ENSMUST00000079719 4982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Wac-215ENSMUST00000171042 2205 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Slc7a7-206ENSMUST00000197440 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Rcc2-202ENSMUST00000071169 3999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Rfx5-207ENSMUST00000137088 4333 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Cand2-201ENSMUST00000075995 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tspyl2-201ENSMUST00000044509 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Rab10-201ENSMUST00000021001 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Chn1-203ENSMUST00000112024 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Chn1-210ENSMUST00000180045 4050 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 AC153526.5-201ENSMUST00000218661 2147 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Emc8-201ENSMUST00000034277 4942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Htatsf1-201ENSMUST00000088652 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dlgap1-201ENSMUST00000060072 5420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 CT025610.1-201ENSMUST00000224552 1786 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Slc13a3-202ENSMUST00000109279 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Zfp12-201ENSMUST00000032591 5265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Kitl-202ENSMUST00000105283 5648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Ptprt-202ENSMUST00000109442 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dnajc1-202ENSMUST00000091418 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Itgav-202ENSMUST00000111740 6788 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Adipor1-202ENSMUST00000112237 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 2510009E07Rik-201ENSMUST00000053336 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Mbtps2-201ENSMUST00000058098 4797 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Hps1-201ENSMUST00000026194 2647 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Lire1P11260 Slc46a3-201ENSMUST00000031655 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.9 ms