Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tmem255b-201ENSMUST00000167071 1138 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Cklf-201ENSMUST00000034342 667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Hsf4-202ENSMUST00000163734 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 AU022751-202ENSMUST00000117544 2201 ntAPPRIS P4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Lrrc25-201ENSMUST00000052437 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Col11a2-202ENSMUST00000114252 5620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Plppr2-203ENSMUST00000190387 2608 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Dag1-203ENSMUST00000171412 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 BC051019-202ENSMUST00000106735 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Zfp747-202ENSMUST00000205832 618 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 AC122351.1-201ENSMUST00000220467 126 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Fbxo22-201ENSMUST00000034859 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tmem35b-201ENSMUST00000094712 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Sptbn4-202ENSMUST00000108362 4861 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Wdr26-207ENSMUST00000162819 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Acap3-201ENSMUST00000079031 4301 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Whrn-201ENSMUST00000063650 4016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Rnf5-201ENSMUST00000015622 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Erdr1-203ENSMUST00000179077 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 4930431F12Rik-201ENSMUST00000079389 429 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Ripor2-205ENSMUST00000110384 5608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 2810468N07Rik-201ENSMUST00000163493 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Cyp26b1-203ENSMUST00000204109 1340 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Ldb1-205ENSMUST00000137771 2014 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Lrp8-201ENSMUST00000030356 4555 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Gm26580-201ENSMUST00000181002 2095 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Atxn7l3-201ENSMUST00000073234 3688 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Gm8909-201ENSMUST00000040467 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Il6st-208ENSMUST00000184311 2985 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Ewsr1-203ENSMUST00000079949 2588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Zmynd15-203ENSMUST00000108563 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Tmem260-201ENSMUST00000111735 5485 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Mis18bp1-202ENSMUST00000124201 717 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Gm20460-201ENSMUST00000168709 1572 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Rpl13a-204ENSMUST00000209711 495 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 AC148328.1-201ENSMUST00000216448 920 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Abcd4-201ENSMUST00000021666 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Fancg-201ENSMUST00000030165 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ShhQ62226 Smim10l1-201ENSMUST00000100864 2842 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.3 ms