Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Pih1d1-202ENSMUST00000107811 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm13216-201ENSMUST00000117145 591 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm15165-201ENSMUST00000118140 502 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Srrm2-209ENSMUST00000190686 8864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Wdr41-205ENSMUST00000160801 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Wdr41-201ENSMUST00000056512 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Pole4-201ENSMUST00000095786 1769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Atxn7-202ENSMUST00000223714 2954 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Fbxl12os-202ENSMUST00000136376 2349 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Smpd5-202ENSMUST00000163991 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm37812-201ENSMUST00000195216 2475 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Sh2b1-203ENSMUST00000205440 3089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Pex5-202ENSMUST00000080557 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Mag-203ENSMUST00000187137 2434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Rnf5-201ENSMUST00000015622 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm27029-201ENSMUST00000107257 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Lhx5-201ENSMUST00000031591 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Isoc2a-201ENSMUST00000125249 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Ifrd2-201ENSMUST00000010192 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gss-203ENSMUST00000130881 1724 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Simc1-201ENSMUST00000118072 2116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Chd3os-202ENSMUST00000151617 389 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Upp1-205ENSMUST00000164791 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Rhog-201ENSMUST00000098230 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Ubr3-202ENSMUST00000112251 8081 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Osbpl1a-205ENSMUST00000119512 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 A830073O21Rik-202ENSMUST00000205693 3096 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Gm11729-201ENSMUST00000124901 713 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Scpep1os-201ENSMUST00000139592 811 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 AV026068-207ENSMUST00000187718 400 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Traf1P39428 Nadk2-203ENSMUST00000100790 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Cd5-201ENSMUST00000025571 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Acbd6-201ENSMUST00000035560 5592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Cdca7l-201ENSMUST00000021592 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Tekt1-202ENSMUST00000108502 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Pld2-201ENSMUST00000018429 3659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Osbpl1a-208ENSMUST00000121888 2674 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Eapp-203ENSMUST00000160085 676 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Washc3-203ENSMUST00000182183 838 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Jpx-202ENSMUST00000182447 712 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Gm45890-204ENSMUST00000212356 545 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Plpp6-201ENSMUST00000045674 2859 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Gm13283-201ENSMUST00000191112 1463 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Cyp26b1-203ENSMUST00000204109 1340 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Zfp512b-201ENSMUST00000108789 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Matr3-214ENSMUST00000190029 2845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Mamstr-201ENSMUST00000148532 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Kptn-201ENSMUST00000006178 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Traf1P39428 Slc39a1-201ENSMUST00000015467 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.8 ms