Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Kank3-201ENSMUST00000048560 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Crem-228ENSMUST00000150235 2662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ecel1-204ENSMUST00000161002 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rmnd1-201ENSMUST00000042251 3139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 BC022687-202ENSMUST00000177808 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp787-206ENSMUST00000208746 535 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v0b-201ENSMUST00000036380 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Igflr1-201ENSMUST00000043850 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6k-201ENSMUST00000060301 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Lhpp-201ENSMUST00000033241 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Stxbp3-205ENSMUST00000138552 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnl1-201ENSMUST00000029416 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Abcd4-201ENSMUST00000021666 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-201ENSMUST00000006646 2922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ldb1-205ENSMUST00000137771 2014 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16838-201ENSMUST00000144594 816 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15598-201ENSMUST00000156965 763 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Lypd1-205ENSMUST00000162899 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17114-201ENSMUST00000164716 511 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Auts2-212ENSMUST00000178555 309 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40773-201ENSMUST00000218113 1502 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 AC131586.3-201ENSMUST00000228355 1367 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16976-202ENSMUST00000127408 1515 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 4921511I17Rik-201ENSMUST00000220545 1341 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28050-201ENSMUST00000124394 449 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Sardhos-201ENSMUST00000170435 265 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp787-205ENSMUST00000207957 880 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10175-201ENSMUST00000086013 645 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Cmc2-205ENSMUST00000148235 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r1b-211ENSMUST00000176798 2074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Fst-201ENSMUST00000022287 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc24-202ENSMUST00000049956 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Znhit1-204ENSMUST00000111091 1070 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14494-201ENSMUST00000118786 435 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Znhit1-206ENSMUST00000156963 1208 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ffar2-203ENSMUST00000168528 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-204ENSMUST00000178752 756 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43575-201ENSMUST00000196420 516 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Fahd2a-201ENSMUST00000028848 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gins1-201ENSMUST00000028948 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 AC121598.2-201ENSMUST00000228376 2325 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnq2-205ENSMUST00000103048 2827 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Krt6b-201ENSMUST00000023786 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k3-201ENSMUST00000019076 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Smpd4-221ENSMUST00000170996 1619 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l1-206ENSMUST00000219143 1365 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ctcflos-201ENSMUST00000142165 469 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt3-209ENSMUST00000176876 465 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt3-202ENSMUST00000062397 558 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rab35-201ENSMUST00000031492 2820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Elf2-202ENSMUST00000091144 2366 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35c2-203ENSMUST00000109299 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn1a-201ENSMUST00000023829 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15467-201ENSMUST00000120582 445 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Dbi-207ENSMUST00000151708 491 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp524-202ENSMUST00000207901 1263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Frmd5-213ENSMUST00000212518 922 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5186-201ENSMUST00000218781 920 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Fam161a-205ENSMUST00000172602 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Raet1e-204ENSMUST00000181645 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gipc2-201ENSMUST00000046614 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Hbb-bh0-201ENSMUST00000124800 129 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25911-201ENSMUST00000157621 56 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf7-202ENSMUST00000071301 334 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Spatc1-201ENSMUST00000074173 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Krt16-201ENSMUST00000007280 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Comp-201ENSMUST00000003659 2416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Clasrp-201ENSMUST00000086041 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11455-201ENSMUST00000149285 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9727-201ENSMUST00000161387 555 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bg-201ENSMUST00000079251 618 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.2 ms