Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Cyp2r1-201ENSMUST00000032908 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Tmem163-203ENSMUST00000160616 2657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Wwc2-201ENSMUST00000057561 8678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Ccdc88b-201ENSMUST00000113440 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Glis1-202ENSMUST00000106738 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Efr3b-201ENSMUST00000111178 6547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Zfp334-201ENSMUST00000103084 8205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Prkag2-203ENSMUST00000114975 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Lire1P11260 H6pd-201ENSMUST00000030830 4745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Emilin3-202ENSMUST00000109454 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Brd2-203ENSMUST00000114242 4483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Eps8l1-201ENSMUST00000086372 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Fbxo9-203ENSMUST00000159099 1201 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Kat14-208ENSMUST00000147747 3299 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Impdh1-205ENSMUST00000160878 2314 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Celf1-206ENSMUST00000111451 4678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Erf-201ENSMUST00000045847 3505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Timp2-201ENSMUST00000017610 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Mir5130-201ENSMUST00000175160 84 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 AC133083.1-201ENSMUST00000221736 2209 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm45212-201ENSMUST00000205831 3403 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Wee1-201ENSMUST00000033326 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Adcy3-207ENSMUST00000152065 4728 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Mapk8ip1-202ENSMUST00000111279 3274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Leprotl1-201ENSMUST00000033910 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Mast3-201ENSMUST00000166004 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Rbck1-201ENSMUST00000028964 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Lire1P11260 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Micall1-201ENSMUST00000040320 6701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Adamts17-201ENSMUST00000098382 6025 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Ak1-203ENSMUST00000113278 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Zbtb45-201ENSMUST00000051390 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Lire1P11260 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms