Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm14634-201ENSMUST00000139163 1662 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Rgs9-201ENSMUST00000020920 2434 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gldc-201ENSMUST00000025778 3754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gm13446-201ENSMUST00000124555 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cfap20-208ENSMUST00000213086 2544 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Fcgrt-203ENSMUST00000210642 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Hs3st2-201ENSMUST00000084628 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Ppp2r2a-204ENSMUST00000225380 1988 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Jam2-201ENSMUST00000098407 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 A130048G24Rik-201ENSMUST00000193052 2750 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Sctr-202ENSMUST00000189037 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Tmem176a-201ENSMUST00000101426 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Pitpnm2-210ENSMUST00000162812 6952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Nagpa-201ENSMUST00000023911 2143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Usp47-201ENSMUST00000106653 5540 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Il7-203ENSMUST00000192202 2057 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Golga7b-201ENSMUST00000087123 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Pigs-201ENSMUST00000048073 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Ltbp4-202ENSMUST00000108369 5377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cpne6-207ENSMUST00000171643 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Casd1-201ENSMUST00000015333 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Rln3-201ENSMUST00000061923 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Adnp-202ENSMUST00000088001 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Sfrp1-201ENSMUST00000033952 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Rerg-202ENSMUST00000117919 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cep135-202ENSMUST00000121979 5537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gata6-201ENSMUST00000047762 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gm32996-201ENSMUST00000199828 1447 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 N6amt1-201ENSMUST00000054442 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Tfap2b-202ENSMUST00000064976 1946 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Smpd5-202ENSMUST00000163991 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Slc39a1-201ENSMUST00000015467 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Cyp46a1-201ENSMUST00000021684 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Trim58Q5NCC9 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Psmd8-201ENSMUST00000059642 1540 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Cask-201ENSMUST00000033321 4057 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Dand5-201ENSMUST00000065539 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Phtf1-202ENSMUST00000063717 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Iqsec2-202ENSMUST00000112604 5967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Gprc5b-201ENSMUST00000008878 4518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Cidec-202ENSMUST00000113089 1720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Ppp4r3a-201ENSMUST00000048305 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trim58Q5NCC9 Zmiz1-201ENSMUST00000007961 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.6 ms