Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Dand5-201ENSMUST00000065539 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Kif12-205ENSMUST00000156618 2258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Tmem200c-201ENSMUST00000178545 3213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Wtap-201ENSMUST00000007007 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Terf1-203ENSMUST00000188371 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Slc22a7-201ENSMUST00000087012 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Dmtn-201ENSMUST00000022694 5418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Gabrd-201ENSMUST00000030925 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Rexo4-201ENSMUST00000064244 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Cox17-201ENSMUST00000050273 444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Rnf40Q3U319 Ncf1-201ENSMUST00000016094 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Tcf3-210ENSMUST00000105346 2839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Stk40-202ENSMUST00000116286 3860 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Erg-207ENSMUST00000171646 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Tpcn1-201ENSMUST00000046426 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Sorbs1-208ENSMUST00000224247 2688 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Tfeb-201ENSMUST00000024786 2296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm9917-202ENSMUST00000181099 1499 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Ifrd1-201ENSMUST00000001672 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Ttll3-201ENSMUST00000032414 3168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Ace-201ENSMUST00000001963 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Mettl16-201ENSMUST00000010698 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Nfkbie-201ENSMUST00000024742 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
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Rnf40Q3U319 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Dctd-203ENSMUST00000170263 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Magi1-202ENSMUST00000089317 7209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gjd2-201ENSMUST00000090275 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Asic1-201ENSMUST00000023758 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
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