Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Prdm5-203ENSMUST00000081219 984 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gbe1-206ENSMUST00000170464 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Pcdh7-201ENSMUST00000068110 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Lzts2-201ENSMUST00000039016 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Il11ra1-202ENSMUST00000108040 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ccdc24-201ENSMUST00000106422 1365 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 B9d2-201ENSMUST00000108403 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 AC225888.1-201ENSMUST00000227184 728 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm10190-201ENSMUST00000086549 324 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nkapl-201ENSMUST00000068235 1463 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Lrch4-201ENSMUST00000031734 3078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ercc6l2-202ENSMUST00000021926 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm11729-201ENSMUST00000124901 713 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gssos1-201ENSMUST00000142509 716 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Chd3os-202ENSMUST00000151617 389 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ubl5-204ENSMUST00000160682 489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm7230-201ENSMUST00000173026 815 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Methig1-201ENSMUST00000075675 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Jdp2-202ENSMUST00000171754 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Mfsd10-202ENSMUST00000114329 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Zfp746-201ENSMUST00000073124 3651 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Rbfox2-207ENSMUST00000227533 1041 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gpank1-201ENSMUST00000052167 1295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Dscr3-201ENSMUST00000023615 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Parg-208ENSMUST00000170840 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm25990-201ENSMUST00000102440 86 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm14822-201ENSMUST00000122247 291 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Sumo3-204ENSMUST00000129492 487 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 1700025N23Rik-201ENSMUST00000186189 915 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm45208-202ENSMUST00000208156 1153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 AC154222.1-201ENSMUST00000223882 475 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Wdyhv1-204ENSMUST00000226955 1094 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Lonp1-201ENSMUST00000047226 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Lce3f-201ENSMUST00000090863 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 March3-202ENSMUST00000102912 1754 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Mturn-203ENSMUST00000190641 5303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Selenoh-201ENSMUST00000102646 783 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Dynlt1b-201ENSMUST00000179569 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Selenoh-206ENSMUST00000189988 390 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gm18421-201ENSMUST00000204122 625 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Zfp787-205ENSMUST00000207957 880 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Fiz1-208ENSMUST00000208944 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Fam159a-201ENSMUST00000053157 593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col6a1Q04857 Ube2j2-203ENSMUST00000105581 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Dach1-202ENSMUST00000071533 5219 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Racgap1-213ENSMUST00000171702 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.9 ms