Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm44616-201ENSMUST00000206417 1732 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm4756-201ENSMUST00000207585 1716 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Nhlrc4-201ENSMUST00000085027 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fam214a-202ENSMUST00000170846 4355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Prkab1-202ENSMUST00000111999 2026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Zc3h14-204ENSMUST00000110105 3514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Stx7-201ENSMUST00000020174 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ephb4-201ENSMUST00000061244 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 I0C0044D17Rik-201ENSMUST00000097964 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Kctd20-208ENSMUST00000168507 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Spdya-204ENSMUST00000167641 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ppp4r3a-201ENSMUST00000048305 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Slc25a39-202ENSMUST00000107098 1606 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Vps51-201ENSMUST00000025711 2489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Asap2-201ENSMUST00000050990 3345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Clvs2-203ENSMUST00000160299 2610 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Wnt8b-201ENSMUST00000041163 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Myef2-201ENSMUST00000067780 2999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Insig1-201ENSMUST00000059155 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gps1-202ENSMUST00000116305 1827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Pofut1-204ENSMUST00000109794 1688 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cog8-201ENSMUST00000034391 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm28372-201ENSMUST00000188900 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Acap3-202ENSMUST00000105584 4365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Npas3-201ENSMUST00000101432 5879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Hnrnph1-202ENSMUST00000077817 2126 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Malsu1-203ENSMUST00000128616 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tnfrsf1a-201ENSMUST00000032491 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Dsg2-202ENSMUST00000120102 3590 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Stpg1-201ENSMUST00000063707 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ep300-201ENSMUST00000068387 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Kcnj6-202ENSMUST00000099508 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Clip2-202ENSMUST00000100647 4994 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Nmt2-203ENSMUST00000102989 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Pacsin1-202ENSMUST00000097360 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cuedc1-201ENSMUST00000018522 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cog6-204ENSMUST00000193432 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tcf3-204ENSMUST00000105340 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tes-202ENSMUST00000115467 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ptges2-201ENSMUST00000028162 4978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC17.14■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Fgf11-202ENSMUST00000102585 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ryr2-203ENSMUST00000220597 4924 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Slc8a3-202ENSMUST00000085238 4927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 P3h1-201ENSMUST00000030393 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.4 ms