Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Fosl1-201ENSMUST00000025850 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ccnl1-201ENSMUST00000029416 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Sphk1-202ENSMUST00000063446 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Dlg5-202ENSMUST00000073687 7784 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Atp6v0a1-203ENSMUST00000103110 2716 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Chn1-203ENSMUST00000112024 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Chn1-210ENSMUST00000180045 4050 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Rexo1-201ENSMUST00000057910 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ralb-201ENSMUST00000004565 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Rbm12b2-202ENSMUST00000095143 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Kif21a-204ENSMUST00000109287 6124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Kif21a-205ENSMUST00000109288 6142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Rap1gap-202ENSMUST00000097837 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Celf3-208ENSMUST00000198316 2505 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Fam92a-201ENSMUST00000087052 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Mycs-201ENSMUST00000058404 2368 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Pank3-201ENSMUST00000018990 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Prtg-201ENSMUST00000055535 9148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Adnp2-201ENSMUST00000066743 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Mettl21a-201ENSMUST00000053469 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm28756-202ENSMUST00000209405 2461 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Sppl3-201ENSMUST00000031530 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Fus-203ENSMUST00000106251 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Foxo1-201ENSMUST00000053764 8665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Evpl-201ENSMUST00000037007 6384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Agap1-202ENSMUST00000074945 10069 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Six3os1-212ENSMUST00000177220 5601 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ankhd1-214ENSMUST00000155329 8223 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ralgapa1-201ENSMUST00000085385 7901 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Ifnar1-202ENSMUST00000117748 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Anapc7-201ENSMUST00000031422 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Kcnq2-205ENSMUST00000103048 2827 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Neu1-201ENSMUST00000007253 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 A830073O21Rik-202ENSMUST00000205693 3096 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Flt1-202ENSMUST00000031653 6895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Cnppd1-208ENSMUST00000190679 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Osbpl1a-208ENSMUST00000121888 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim3Q9R1R2 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.8 ms