Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Camk2d-221ENSMUST00000171289 2217 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Rasal2-201ENSMUST00000078308 10047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gas2l2-201ENSMUST00000052521 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Sucla2-203ENSMUST00000160507 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gabbr1-202ENSMUST00000172789 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Mief2-201ENSMUST00000018743 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Nkpd1-202ENSMUST00000207576 2916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tra2a-201ENSMUST00000031841 1799 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Slc9a6-202ENSMUST00000114784 4449 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ado-201ENSMUST00000075686 4445 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 4931440P22Rik-202ENSMUST00000147424 2430 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Mapk8ip1-201ENSMUST00000050312 2930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Cep104-201ENSMUST00000047497 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Wdr12-202ENSMUST00000117438 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Yes1-205ENSMUST00000202543 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Nbea-201ENSMUST00000029374 10986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Pi4k2b-202ENSMUST00000031082 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tbrg4-212ENSMUST00000189268 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm19684-201ENSMUST00000173128 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Fa2h-201ENSMUST00000038475 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Noc4l-201ENSMUST00000042147 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Foxo3-201ENSMUST00000056974 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rbfox2-204ENSMUST00000171751 3558 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cldn24-201ENSMUST00000079639 663 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ankrd10-201ENSMUST00000033905 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rexo1-201ENSMUST00000057910 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fut7-203ENSMUST00000114278 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fut7-201ENSMUST00000041654 1970 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fam181a-201ENSMUST00000179363 1406 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tor1b-201ENSMUST00000028199 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Hsdl2-201ENSMUST00000030078 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Klf7-201ENSMUST00000055001 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Xpo6-213ENSMUST00000168189 4552 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Poli-203ENSMUST00000159389 2662 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Cib1-202ENSMUST00000071457 702 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Ext2-201ENSMUST00000028623 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Wee1-201ENSMUST00000033326 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Gbp5-201ENSMUST00000090127 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Taf15-201ENSMUST00000021018 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Rhcg-201ENSMUST00000032766 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Usp4P35123 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.1 ms