Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Yes1-205ENSMUST00000202543 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Parp3-203ENSMUST00000123555 2495 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ush1g-201ENSMUST00000103037 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 4833413E03Rik-201ENSMUST00000013706 1091 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Acot4-201ENSMUST00000021652 6203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Lurap1-201ENSMUST00000030469 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 2700080J24Rik-201ENSMUST00000205314 1662 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Zfp800-202ENSMUST00000115320 4311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Zfp281-201ENSMUST00000047734 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ankle2-206ENSMUST00000197188 4077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Med9-201ENSMUST00000081980 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Zbtb4-201ENSMUST00000108638 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gpd2-202ENSMUST00000112618 5759 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm26526-201ENSMUST00000181075 2927 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Pitpnm2-209ENSMUST00000161938 5866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Abhd15-201ENSMUST00000094004 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tead3-206ENSMUST00000156862 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Adgrl1-210ENSMUST00000152978 5734 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Jph4-201ENSMUST00000022819 4489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ptp4a3-201ENSMUST00000053232 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm16712-201ENSMUST00000181962 1960 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Taf5l-202ENSMUST00000165628 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gne-202ENSMUST00000102936 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Zbtb16-202ENSMUST00000216150 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gm37912-201ENSMUST00000191895 3076 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Zscan2-201ENSMUST00000044115 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gpr135-201ENSMUST00000050649 3150 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 9330151L19Rik-201ENSMUST00000181850 2545 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Ube2i-207ENSMUST00000172868 2755 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Spryd3-203ENSMUST00000154032 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Lire1P11260 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.7 ms