Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Btn1a1-202ENSMUST00000110434 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd23-204ENSMUST00000194853 1073 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Birc2-201ENSMUST00000054878 378 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn19-201ENSMUST00000084309 924 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Itsn1-203ENSMUST00000095909 6103 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Mbp-201ENSMUST00000047865 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Dlgap1-206ENSMUST00000133717 2355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tmtc4-209ENSMUST00000148661 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Rbpms-201ENSMUST00000033994 2375 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Col18a1-202ENSMUST00000081654 5063 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Uqcc2-203ENSMUST00000119227 452 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr1232-201ENSMUST00000099785 936 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tbxas1-201ENSMUST00000003017 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Fiz1-208ENSMUST00000208944 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tulp3-205ENSMUST00000157005 1053 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gtf3c2-202ENSMUST00000200871 318 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tlk1-201ENSMUST00000038584 4280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Bmp2k-201ENSMUST00000035635 7387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Plppr3-207ENSMUST00000167250 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Vgf-201ENSMUST00000041543 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp746-201ENSMUST00000073124 3651 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ldb1-205ENSMUST00000137771 2014 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9857-201ENSMUST00000050914 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpro-203ENSMUST00000167679 5096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27029-201ENSMUST00000107257 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Slc30a10-201ENSMUST00000061093 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Enoph1-202ENSMUST00000169390 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Cog6-204ENSMUST00000193432 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnn2-208ENSMUST00000211323 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Adgra3-201ENSMUST00000030971 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ybx2-202ENSMUST00000108601 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11841-201ENSMUST00000117060 1963 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Amacr-201ENSMUST00000070877 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gsk3b-201ENSMUST00000023507 8303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Igsf11-201ENSMUST00000023478 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Cnksr1-201ENSMUST00000030645 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Krt81-201ENSMUST00000061185 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Adnp2-201ENSMUST00000066743 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr142-202ENSMUST00000106584 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Mis18bp1-202ENSMUST00000124201 717 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr142-201ENSMUST00000045319 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ccdc3Q9D6Y1 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26627-201ENSMUST00000181540 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf128-201ENSMUST00000113026 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna1h-202ENSMUST00000159048 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ric1-201ENSMUST00000043610 7190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ubxn11-202ENSMUST00000074690 1573 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Polr3e-203ENSMUST00000207481 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Krt6a-201ENSMUST00000023788 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.3 ms