Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Ankrd23-204ENSMUST00000194853 1073 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Pnmt-201ENSMUST00000041301 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Marveld1-201ENSMUST00000061111 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ano8-204ENSMUST00000213382 3785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Dlgap1-206ENSMUST00000133717 2355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm37935-201ENSMUST00000192012 982 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gtf3c2-202ENSMUST00000200871 318 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Plppr3-207ENSMUST00000167250 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Mta1-201ENSMUST00000009099 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Dok4-201ENSMUST00000046461 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 2310002F09Rik-201ENSMUST00000181454 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Kbtbd11-201ENSMUST00000069399 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Lgr6-201ENSMUST00000044828 6675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gbe1-201ENSMUST00000023393 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm18733-201ENSMUST00000173950 856 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm45328-201ENSMUST00000210942 917 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Neurl1a-202ENSMUST00000111808 4157 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Bmp2k-201ENSMUST00000035635 7387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Rhot2-201ENSMUST00000043897 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Lmtk2-201ENSMUST00000041804 8114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Zbtb45-201ENSMUST00000051390 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Adgrl1-205ENSMUST00000132500 5719 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rnf128-201ENSMUST00000113026 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Sorcs3-201ENSMUST00000078880 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Fmnl3-202ENSMUST00000088233 4423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Capzb-202ENSMUST00000042675 1604 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ndufaf8-202ENSMUST00000185558 427 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Sgsm2-202ENSMUST00000081799 4873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Add1-204ENSMUST00000114338 4007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rcc1-201ENSMUST00000030726 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Usp49-201ENSMUST00000024779 8252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tm6sf2-201ENSMUST00000049197 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Cdc25a-201ENSMUST00000094324 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Csk-201ENSMUST00000034863 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ppan-201ENSMUST00000004203 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tm4sf19-201ENSMUST00000115149 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm15889-201ENSMUST00000159142 1083 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rab37-202ENSMUST00000067754 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Fosl2-201ENSMUST00000031017 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gbx1-201ENSMUST00000088311 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms