Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Dnajc2-204ENSMUST00000115195 1994 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Dlgap3-202ENSMUST00000106092 2901 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Macrod2-201ENSMUST00000043836 3552 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Socs4-201ENSMUST00000065562 6877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Raxos1-201ENSMUST00000181100 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Mms22l-202ENSMUST00000108222 4478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Wscd1-202ENSMUST00000108510 2956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Tnfaip8-208ENSMUST00000148989 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Rerg-202ENSMUST00000117919 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Myb-203ENSMUST00000188495 3693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Taf5-201ENSMUST00000026027 3258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Ext2-201ENSMUST00000028623 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 AC069562.2-201ENSMUST00000224644 2146 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Rft1-201ENSMUST00000064230 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm27011-201ENSMUST00000182352 972 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Htatsf1-201ENSMUST00000088652 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Pdcl3-201ENSMUST00000027247 3914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Mief2-201ENSMUST00000018743 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 AC093043.3-201ENSMUST00000226531 2273 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Pdzd4-202ENSMUST00000114438 3625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Ddx51-201ENSMUST00000031478 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Gm8909-201ENSMUST00000040467 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Tcf3-207ENSMUST00000105343 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Slc6a17-208ENSMUST00000169449 6322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Slc6a17-201ENSMUST00000029499 6308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CtcfQ61164 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Cadps2-204ENSMUST00000115356 3533 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 App-203ENSMUST00000226801 3299 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Ifnar1-202ENSMUST00000117748 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Gk5-201ENSMUST00000085217 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Gata5-201ENSMUST00000015771 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 9530085L11Rik-201ENSMUST00000203963 2115 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Sptbn4-202ENSMUST00000108362 4861 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Krt6b-201ENSMUST00000023786 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Adnp-202ENSMUST00000088001 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Pitpna-206ENSMUST00000179521 3727 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Inpp5f-201ENSMUST00000043138 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Cfap20-208ENSMUST00000213086 2544 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Kctd8-201ENSMUST00000054095 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Cdc27-202ENSMUST00000106961 1863 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Bcam-201ENSMUST00000003061 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CtcfQ61164 Mccc1-201ENSMUST00000029259 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.7 ms