Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ccdc154-202ENSMUST00000182292 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
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Rnf40Q3U319 Bcor-204ENSMUST00000115513 6941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Ltbp1-201ENSMUST00000001927 6671 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Prtg-201ENSMUST00000055535 9148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Hps1-201ENSMUST00000026194 2647 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
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Rnf40Q3U319 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Hsf4-202ENSMUST00000163734 1630 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Sfmbt1-201ENSMUST00000054230 7837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Abhd15-201ENSMUST00000094004 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Arpp19-201ENSMUST00000007800 4046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Cab39-202ENSMUST00000113360 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Dnajc2-204ENSMUST00000115195 1994 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tle3-205ENSMUST00000159630 4065 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rufy3-205ENSMUST00000198965 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
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Rnf40Q3U319 Gm17501-201ENSMUST00000181247 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rnf145-201ENSMUST00000019333 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Casc4-201ENSMUST00000078752 4215 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 9630013D21Rik-204ENSMUST00000156790 3096 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Fam184a-201ENSMUST00000020003 4164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Tcf3-201ENSMUST00000020377 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Ccdc43-201ENSMUST00000092569 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Hsf4-201ENSMUST00000036127 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
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Rnf40Q3U319 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
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Rnf40Q3U319 Ica1l-201ENSMUST00000027172 3650 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Gm13425-201ENSMUST00000145389 5391 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Edem2-201ENSMUST00000040833 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Acsl3-201ENSMUST00000035779 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Col13a1-205ENSMUST00000105454 3162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
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Rnf40Q3U319 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Kmt5b-213ENSMUST00000176262 3933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Arfgap2-202ENSMUST00000080008 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Antxr1-205ENSMUST00000205033 3160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Rpn2-201ENSMUST00000029171 2621 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Psen2-201ENSMUST00000010753 2004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Mon1b-201ENSMUST00000035777 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Pitpna-206ENSMUST00000179521 3727 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Gpr135-201ENSMUST00000050649 3150 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Lbp-201ENSMUST00000016168 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Galnt13-202ENSMUST00000112634 7639 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Dmc1-201ENSMUST00000023065 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rnf40Q3U319 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.8 ms