Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Rhoj-202ENSMUST00000118602 2396 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ankrd44-210ENSMUST00000179030 6140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Nsmaf-201ENSMUST00000029910 3507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Dsg2-202ENSMUST00000120102 3590 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Dnajc6-202ENSMUST00000094953 5322 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Fzd10-201ENSMUST00000117102 3250 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm13425-201ENSMUST00000145389 5391 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Efr3a-201ENSMUST00000015146 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ptch1-201ENSMUST00000021921 7725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 St7l-202ENSMUST00000106769 2428 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ccdc13-202ENSMUST00000135986 2640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Bag4-201ENSMUST00000038498 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Adgrb2-205ENSMUST00000106017 5104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Zbtb32-202ENSMUST00000108151 1775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Setdb2-202ENSMUST00000111253 1774 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm10710-201ENSMUST00000047876 3971 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Krt81-201ENSMUST00000061185 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Raf1-201ENSMUST00000000451 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 St7l-211ENSMUST00000200132 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Nme4-201ENSMUST00000025007 912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Adgra3-201ENSMUST00000030971 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Fam185a-201ENSMUST00000056045 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 A430034D21Rik-201ENSMUST00000194339 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Dennd1a-201ENSMUST00000102787 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Thsd7a-202ENSMUST00000119581 5678 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Pccb-204ENSMUST00000149322 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Wnk2-207ENSMUST00000159559 6584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Rexo4-201ENSMUST00000064244 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Dlc1-203ENSMUST00000098826 6241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Glis1-201ENSMUST00000046005 2906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm45470-202ENSMUST00000210817 2192 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Bcor-204ENSMUST00000115513 6941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Adgrd2-ps-201ENSMUST00000118797 2662 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Cacna1g-201ENSMUST00000021234 8139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Chrna4-201ENSMUST00000067120 4565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Itpkc-201ENSMUST00000003850 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ankrd44-201ENSMUST00000044359 6192 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19 ms