Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Xpo6-213ENSMUST00000168189 4552 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Ubl7-201ENSMUST00000163329 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Esrrb-201ENSMUST00000021680 2136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Bpifa3-201ENSMUST00000028984 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Synpo-205ENSMUST00000130044 4970 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Tasp1-201ENSMUST00000046656 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Rasip1-201ENSMUST00000057927 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Kctd9-205ENSMUST00000152243 2528 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Bpifb4-203ENSMUST00000109759 2115 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Birc2-201ENSMUST00000054878 378 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Zcchc4-203ENSMUST00000113904 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Tfdp2-206ENSMUST00000185644 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Slc6a17-208ENSMUST00000169449 6322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Slc6a17-201ENSMUST00000029499 6308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ptprj-204ENSMUST00000168621 7634 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ShhQ62226 2610301B20Rik-201ENSMUST00000080517 2116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Unc13b-203ENSMUST00000107953 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Mef2d-201ENSMUST00000001455 5401 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Zfyve19-201ENSMUST00000090174 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Thsd7a-202ENSMUST00000119581 5678 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Tm9sf1-205ENSMUST00000122358 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 9330151L19Rik-201ENSMUST00000181850 2545 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Acbd6-201ENSMUST00000035560 5592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Dusp13-208ENSMUST00000183698 1019 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm34391-201ENSMUST00000203706 907 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Bambi-201ENSMUST00000025075 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Adrb2-201ENSMUST00000053640 2143 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Galnt13-204ENSMUST00000112636 7530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Casd1-201ENSMUST00000015333 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 U2af2-209ENSMUST00000209099 2088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 A930017K11Rik-201ENSMUST00000162431 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Timm13-204ENSMUST00000219896 542 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 She-201ENSMUST00000050401 5733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Lrch3-211ENSMUST00000170899 2752 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Dscr3-201ENSMUST00000023615 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ShhQ62226 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Acads-201ENSMUST00000031524 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Ino80dos-204ENSMUST00000188602 678 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ShhQ62226 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.7 ms