Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Tox2-201ENSMUST00000099110 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm1401-201ENSMUST00000122048 772 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11767-201ENSMUST00000129379 493 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Dnmt3a-ps1-201ENSMUST00000192011 1271 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Tlk2-201ENSMUST00000015107 3212 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26526-201ENSMUST00000181075 2927 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Hand1-201ENSMUST00000036917 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Tfap2b-202ENSMUST00000064976 1946 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Tsc22d1-208ENSMUST00000142683 797 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Tbp-201ENSMUST00000014911 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Sec1-201ENSMUST00000040636 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb46-202ENSMUST00000087409 2577 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Washc3-203ENSMUST00000182183 838 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 A930016O22Rik-201ENSMUST00000047020 1214 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Chmp2a-201ENSMUST00000005711 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Ppil3-204ENSMUST00000117069 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC26.83■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 9430038I01Rik-202ENSMUST00000117404 699 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6404-201ENSMUST00000183699 94 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42413-201ENSMUST00000196216 338 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Smim4-204ENSMUST00000203261 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd18-206ENSMUST00000203650 797 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 1300002E11Rik-207ENSMUST00000211443 767 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Wdyhv1-204ENSMUST00000226955 1094 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Trim7-201ENSMUST00000046903 2161 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Rapsn-201ENSMUST00000050323 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc2-202ENSMUST00000115192 1132 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Coq6-202ENSMUST00000110276 1776 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Cyr61-201ENSMUST00000029846 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 4930512B01Rik-201ENSMUST00000021378 1856 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Smox-204ENSMUST00000110181 2299 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 1700023H06Rik-201ENSMUST00000161006 1044 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Eefsec-201ENSMUST00000165242 2679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Spata6-201ENSMUST00000038868 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27029-201ENSMUST00000107257 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26608-201ENSMUST00000180740 1954 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15173-201ENSMUST00000122049 433 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Psmc4-206ENSMUST00000140053 1244 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 A230065H16Rik-201ENSMUST00000150384 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Hacd1-201ENSMUST00000074854 926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mir124-2hg-202ENSMUST00000186746 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Fam72a-201ENSMUST00000068613 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ckap4-202ENSMUST00000167671 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Timm23-206ENSMUST00000170331 777 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20383-201ENSMUST00000203799 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 1700025J12Rik-201ENSMUST00000205586 630 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Rom1-201ENSMUST00000096242 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Baiap2-202ENSMUST00000075180 3518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mcub-204ENSMUST00000153506 1005 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ubl5-204ENSMUST00000160682 489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Csrp3-202ENSMUST00000167786 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp810-203ENSMUST00000215202 822 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1l-201ENSMUST00000054426 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem116-203ENSMUST00000094357 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15677-201ENSMUST00000152302 766 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5145-201ENSMUST00000095633 837 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Podnl1-201ENSMUST00000093380 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Syt3-202ENSMUST00000118962 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms