Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Snrnp35-201ENSMUST00000031349 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ercc6l2-203ENSMUST00000067821 2743 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Adgrl1-205ENSMUST00000132500 5719 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp710-201ENSMUST00000049680 4721 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ddhd1-201ENSMUST00000051310 5012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Syngap1-204ENSMUST00000194598 6011 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Lce1k-201ENSMUST00000179917 663 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 4933412L11Rik-201ENSMUST00000203702 1044 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 F420014N23Rik-202ENSMUST00000219079 659 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Dlx3-201ENSMUST00000092768 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Mef2d-201ENSMUST00000001455 5401 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Spdef-205ENSMUST00000167489 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ermp1-203ENSMUST00000159692 7058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Aspscr1-204ENSMUST00000106159 1615 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Large1-204ENSMUST00000212459 4746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ank1-209ENSMUST00000121802 8218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap39-202ENSMUST00000077821 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Elk4-202ENSMUST00000086556 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Dach1-201ENSMUST00000069334 5063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Sult2b1-204ENSMUST00000209739 1858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14029-201ENSMUST00000151051 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Synpo-201ENSMUST00000097566 5060 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Wt1-205ENSMUST00000143043 3090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r5d-201ENSMUST00000002839 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn7-204ENSMUST00000108597 913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Tm4sf19-201ENSMUST00000115149 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ep300-201ENSMUST00000068387 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gnb1-202ENSMUST00000105616 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Bean1-201ENSMUST00000093245 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Eml2-203ENSMUST00000120595 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Rps6ka1-202ENSMUST00000105894 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Smad3-201ENSMUST00000034973 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Ccdc3Q9D6Y1 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms