Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Tox2-205ENSMUST00000165937 1675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Dusp9-201ENSMUST00000019701 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ryr2-203ENSMUST00000220597 4924 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl5-204ENSMUST00000204097 3149 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Nfib-204ENSMUST00000107246 3075 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 6430573F11Rik-202ENSMUST00000135373 2573 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Lrp5-201ENSMUST00000025856 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Nfe2l1-202ENSMUST00000107657 3869 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13285-201ENSMUST00000179725 1462 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26620-201ENSMUST00000180542 817 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Etfb-201ENSMUST00000004729 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Prss8-201ENSMUST00000032988 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Npm1-201ENSMUST00000075641 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd17-203ENSMUST00000168058 9311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Tle3-211ENSMUST00000161689 2836 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Krt73-201ENSMUST00000063292 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Adrb2-201ENSMUST00000053640 2143 ntAPPRIS P1 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 A830018L16Rik-208ENSMUST00000171690 6158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43548-201ENSMUST00000197139 2353 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ptges2-201ENSMUST00000028162 4978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Wbp2-202ENSMUST00000106444 1012 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm29707-201ENSMUST00000196325 491 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Itpkb-201ENSMUST00000070181 6235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 AU022751-202ENSMUST00000117544 2201 ntAPPRIS P4 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Cep135-202ENSMUST00000121979 5537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Appl2-201ENSMUST00000020500 3020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Btbd10-203ENSMUST00000119278 2394 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Tubgcp4-203ENSMUST00000110658 4250 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11620-201ENSMUST00000118770 1845 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp2r5d-201ENSMUST00000002839 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm14029-201ENSMUST00000151051 1348 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Bpifa3-202ENSMUST00000109746 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15794-201ENSMUST00000120182 631 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17055-201ENSMUST00000166951 2232 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Ercc6l2-203ENSMUST00000067821 2743 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Amacr-201ENSMUST00000070877 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Sh2b1-203ENSMUST00000205440 3089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Cdk9-202ENSMUST00000120105 1565 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
Ccdc39Q9D5Y1 Naa10-204ENSMUST00000114389 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms