Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Zfp92-202ENSMUST00000086470 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tma7-201ENSMUST00000167504 944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 AC140264.2-201ENSMUST00000219668 289 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Cnot9-201ENSMUST00000087215 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Nadk2-203ENSMUST00000100790 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Sntg2-201ENSMUST00000021004 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tpm2-203ENSMUST00000107914 1164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Large1-204ENSMUST00000212459 4746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Hoxc9-201ENSMUST00000001706 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Mepce-201ENSMUST00000031740 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Trip10-205ENSMUST00000224885 2136 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Hoxb2-201ENSMUST00000100523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ShhQ62226 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Taok3-203ENSMUST00000111978 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm26526-201ENSMUST00000181075 2927 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Meis2-202ENSMUST00000074285 2844 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Lhx1os-201ENSMUST00000126072 589 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Lzts2-203ENSMUST00000179108 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tmem163-203ENSMUST00000160616 2657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm16835-201ENSMUST00000140488 2809 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Rala-201ENSMUST00000009003 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Igf2-205ENSMUST00000121128 4722 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Rbpms-201ENSMUST00000033994 2375 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Dhodh-209ENSMUST00000143900 1455 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Lhx6-203ENSMUST00000112963 3481 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Psma3-204ENSMUST00000160864 859 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Ogfod2-207ENSMUST00000196627 532 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 4930519L02Rik-201ENSMUST00000197683 619 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 AW822252-206ENSMUST00000208904 237 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm2270-201ENSMUST00000222858 797 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Pid1-201ENSMUST00000168574 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Kcnq2-201ENSMUST00000016491 3067 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.1 ms