Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ndufb10-201ENSMUST00000045602 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Iqck-201ENSMUST00000098087 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Acss2-201ENSMUST00000029135 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Appl2-201ENSMUST00000020500 3020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Dguok-202ENSMUST00000113888 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Dguok-201ENSMUST00000014698 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Tmem33-206ENSMUST00000162543 664 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Gm13830-205ENSMUST00000201195 1155 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Lce3b-201ENSMUST00000046234 562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Uchl5-201ENSMUST00000018333 1845 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Mink1-205ENSMUST00000102559 4865 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Il17re-201ENSMUST00000053569 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Zkscan3-202ENSMUST00000116433 1421 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Cmtm5-203ENSMUST00000227441 610 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dusp9-201ENSMUST00000019701 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Rhd-201ENSMUST00000030627 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm17055-201ENSMUST00000166951 2232 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm12216-201ENSMUST00000117316 1152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm15467-201ENSMUST00000120582 445 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Banf1-202ENSMUST00000170010 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ciao1-204ENSMUST00000174030 1109 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 1190007I07Rik-202ENSMUST00000176200 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm26695-201ENSMUST00000180920 1251 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 1190007I07Rik-203ENSMUST00000183363 406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Atp6v0b-201ENSMUST00000036380 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 1190007I07Rik-201ENSMUST00000079648 716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gclm-201ENSMUST00000029769 5589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Pitx2-207ENSMUST00000174661 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Rnf157-201ENSMUST00000100202 4619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Slain2-201ENSMUST00000143829 4828 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Fam171a2-201ENSMUST00000049057 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Eif5a-207ENSMUST00000108610 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Proser2-201ENSMUST00000054254 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Pdx1-201ENSMUST00000085591 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Zbtb24-201ENSMUST00000080771 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Eml2-203ENSMUST00000120595 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Map4k5-210ENSMUST00000171211 4334 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm20878-206ENSMUST00000153997 903 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Hist1h2bg-201ENSMUST00000079251 618 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Hist1h2bn-201ENSMUST00000091709 381 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.8 ms