Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Apba1-201ENSMUST00000025830 6632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Crk-203ENSMUST00000108425 4290 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 BC051019-202ENSMUST00000106735 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Rgl2-201ENSMUST00000047503 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Abtb1-201ENSMUST00000032169 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Wdr90-205ENSMUST00000176923 5666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Zfand5-201ENSMUST00000025659 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 4930401G09Rik-201ENSMUST00000139500 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Bcor-206ENSMUST00000124033 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Rnf26-208ENSMUST00000185479 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Map4k5-210ENSMUST00000171211 4334 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Tmem163-203ENSMUST00000160616 2657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Chka-202ENSMUST00000072055 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gbe1-201ENSMUST00000023393 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 March3-202ENSMUST00000102912 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gbx1-201ENSMUST00000088311 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Krtap1-4-201ENSMUST00000100479 593 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Nfatc3-201ENSMUST00000109308 5984 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Fam131b-201ENSMUST00000031891 4065 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Shroom3-204ENSMUST00000168878 5630 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lmx1bO88609 Clstn2-201ENSMUST00000035027 4365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Mink1-205ENSMUST00000102559 4865 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Dlgap4-212ENSMUST00000169464 4851 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Pld6-202ENSMUST00000125307 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Cnot9-201ENSMUST00000087215 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Mturn-203ENSMUST00000190641 5303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Rdx-202ENSMUST00000061352 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Prss56-201ENSMUST00000044533 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Mocs1-202ENSMUST00000165390 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 AC156576.2-201ENSMUST00000222752 503 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Lmx1bO88609 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.8 ms