Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ank1-203ENSMUST00000110688 7206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gopc-202ENSMUST00000105475 4317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ppme1-201ENSMUST00000032963 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Epn1-201ENSMUST00000045277 2334 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf186-201ENSMUST00000116094 1249 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Echdc2-203ENSMUST00000116307 893 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Spem1-201ENSMUST00000045771 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fkrp-201ENSMUST00000061390 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxc9-201ENSMUST00000001706 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Shq1-202ENSMUST00000113312 6816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Homez-202ENSMUST00000142283 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rasl10b-204ENSMUST00000175848 3249 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Mapkapk3-201ENSMUST00000035194 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Rhobtb2-201ENSMUST00000022665 5322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem35b-201ENSMUST00000094712 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Igf2-205ENSMUST00000121128 4722 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Lonrf1-201ENSMUST00000065297 3930 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21057-201ENSMUST00000206022 670 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnab3-201ENSMUST00000018614 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Adrb2-201ENSMUST00000053640 2143 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Ccdc3Q9D6Y1 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.1 ms