Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Nt5c1a-201ENSMUST00000068262 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Fam92a-201ENSMUST00000087052 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Fmr1-205ENSMUST00000114656 4257 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Dzip3-202ENSMUST00000121869 5820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mrps12-204ENSMUST00000171183 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Vps37d-202ENSMUST00000076203 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gnaz-201ENSMUST00000037813 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Sec61a1-201ENSMUST00000032168 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm5898-201ENSMUST00000121016 2071 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Il17re-201ENSMUST00000053569 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 4921536K21Rik-201ENSMUST00000020712 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Il4i1-202ENSMUST00000118125 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cep104-201ENSMUST00000047497 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Tacc3-203ENSMUST00000114426 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Glra1-201ENSMUST00000075603 2037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cacna1c-216ENSMUST00000188522 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rasa2-201ENSMUST00000034984 5813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Spem1-201ENSMUST00000045771 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Socs4-201ENSMUST00000065562 6877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Tlk1-201ENSMUST00000038584 4280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Parg-208ENSMUST00000170840 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Npas3-201ENSMUST00000101432 5879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Eml1-203ENSMUST00000109860 4160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ubr3-202ENSMUST00000112251 8081 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Camsap2-203ENSMUST00000192314 4916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Scml4-203ENSMUST00000105495 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cask-201ENSMUST00000033321 4057 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Slc47a1-201ENSMUST00000010267 2639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Il17re-208ENSMUST00000204774 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Bcr-201ENSMUST00000164107 6839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ank1-209ENSMUST00000121802 8218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Chka-202ENSMUST00000072055 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Asic2-201ENSMUST00000021045 3436 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Slc22a12-201ENSMUST00000113451 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cnksr1-201ENSMUST00000030645 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.7 ms