Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 9330154J02Rik-202ENSMUST00000185960 2557 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Ube2d2a-201ENSMUST00000167406 2393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Cyb561d2-201ENSMUST00000041459 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Ccdc24-201ENSMUST00000106422 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Gm11729-201ENSMUST00000124901 713 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Negr1-201ENSMUST00000041425 2095 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Senp2-201ENSMUST00000023561 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Iqsec1-202ENSMUST00000101153 8036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Tada2b-201ENSMUST00000031097 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Arl4a-201ENSMUST00000101472 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22 ms