Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Sec1-201ENSMUST00000040636 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15635-204ENSMUST00000208024 2539 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ecel1-204ENSMUST00000161002 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef10-201ENSMUST00000084207 5528 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43338-201ENSMUST00000198617 2223 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7153-201ENSMUST00000117092 455 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem241-205ENSMUST00000209859 1426 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20460-201ENSMUST00000168709 1572 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna1c-216ENSMUST00000188522 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 1500009L16Rik-201ENSMUST00000150459 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl36al-201ENSMUST00000054544 526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Impdh1-210ENSMUST00000162739 2471 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tubgcp4-203ENSMUST00000110658 4250 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp92-202ENSMUST00000086470 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Cyr61-201ENSMUST00000029846 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ispd-201ENSMUST00000062041 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Hmg20b-213ENSMUST00000167481 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf38-203ENSMUST00000102934 5240 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Il4i1-202ENSMUST00000118125 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt5b-203ENSMUST00000113968 3216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Kat14-208ENSMUST00000147747 3299 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Acbd6-201ENSMUST00000035560 5592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 9330160F10Rik-201ENSMUST00000101007 2766 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Glrx2-210ENSMUST00000185362 3337 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Lamtor5-201ENSMUST00000145735 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Trim67-202ENSMUST00000167588 8735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26676-201ENSMUST00000181877 2226 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ubfd1-201ENSMUST00000033158 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ubr3-202ENSMUST00000112251 8081 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43294-201ENSMUST00000202850 2490 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Dcps-202ENSMUST00000119847 1445 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 2210016L21Rik-201ENSMUST00000031538 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Slc43a1-202ENSMUST00000111624 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Ccdc3Q9D6Y1 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.7 ms