Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm28914-201ENSMUST00000188115 667 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Insl3-201ENSMUST00000034261 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Ddhd1-201ENSMUST00000051310 5012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Frmd5-203ENSMUST00000121219 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Itpkb-201ENSMUST00000070181 6235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Lonp1-201ENSMUST00000047226 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Rab6a-201ENSMUST00000032946 3214 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Mterf1a-202ENSMUST00000117463 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Papola-203ENSMUST00000163473 2544 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Zfp710-201ENSMUST00000049680 4721 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Serac1-201ENSMUST00000024570 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Plppr5-202ENSMUST00000106473 4294 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 AC121598.2-201ENSMUST00000228376 2325 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Adnp-202ENSMUST00000088001 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Stk39-201ENSMUST00000102715 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Atg4c-201ENSMUST00000030279 3178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Cpox-201ENSMUST00000060077 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ShhQ62226 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 H13-204ENSMUST00000125366 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ccni-201ENSMUST00000058550 2804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Zbtb24-201ENSMUST00000080771 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rara-202ENSMUST00000107473 3238 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm7292-201ENSMUST00000194706 2527 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Camsap3-206ENSMUST00000207533 2584 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Slc25a23-201ENSMUST00000040280 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Rab6b-201ENSMUST00000035155 5007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Itsn1-203ENSMUST00000095909 6103 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Sap18-203ENSMUST00000111269 459 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 D330023K18Rik-201ENSMUST00000133550 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31 ms