Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Il17rc-201ENSMUST00000058300 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ppm1b-202ENSMUST00000112304 3262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ndufb7-201ENSMUST00000036996 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Nsg1-201ENSMUST00000031009 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rnf169-201ENSMUST00000080817 7147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Elmo2-204ENSMUST00000103088 3052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Aldh2-202ENSMUST00000129753 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Sdhb-201ENSMUST00000010007 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm11594-201ENSMUST00000122313 162 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Krtcap3-208ENSMUST00000201937 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Hs3st2-202ENSMUST00000206880 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Nadk2-202ENSMUST00000100789 3578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm10461-201ENSMUST00000202073 4786 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Pisd-201ENSMUST00000061895 2183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Zkscan4-202ENSMUST00000225845 1506 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Sec1-201ENSMUST00000040636 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm37194-201ENSMUST00000193092 3031 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm7935-201ENSMUST00000100555 1278 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Nrn1l-202ENSMUST00000118920 603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm20324-201ENSMUST00000186291 1118 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm28411-202ENSMUST00000191318 464 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Cda-201ENSMUST00000030535 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Coq10b-202ENSMUST00000087617 834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Hist1h2ad-201ENSMUST00000090776 572 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Enpp1-202ENSMUST00000105520 6777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Glrx2-210ENSMUST00000185362 3337 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Mycn-202ENSMUST00000130990 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Zfp119b-201ENSMUST00000056147 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Wt1-205ENSMUST00000143043 3090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Tmem116-203ENSMUST00000094357 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 B3gnt4-201ENSMUST00000031384 1423 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Naa10-204ENSMUST00000114389 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm12644-201ENSMUST00000119935 606 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Sardhos-201ENSMUST00000170435 265 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Smarca5-ps-202ENSMUST00000171805 1284 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm43332-201ENSMUST00000202511 1044 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Dnph1-201ENSMUST00000046497 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Hnrnph3-201ENSMUST00000020263 2213 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm6598-201ENSMUST00000202719 2615 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 B3gnt9-202ENSMUST00000136822 2516 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Mroh5-201ENSMUST00000071419 2766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Ispd-201ENSMUST00000062041 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm1818-201ENSMUST00000169406 1184 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 AC154621.1-201ENSMUST00000226155 1119 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms