Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Gm38342-201ENSMUST00000195710 2980 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Tle4-201ENSMUST00000052011 4555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 1110004F10Rik-203ENSMUST00000106608 927 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm12350-201ENSMUST00000121208 462 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Tsen15-205ENSMUST00000162371 431 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Smim22-208ENSMUST00000185147 399 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44357-201ENSMUST00000195897 142 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm19658-201ENSMUST00000196231 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44367-201ENSMUST00000196836 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm42456-201ENSMUST00000196840 387 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44350-201ENSMUST00000197197 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44390-201ENSMUST00000197533 144 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44313-201ENSMUST00000198018 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44486-201ENSMUST00000198508 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm44314-201ENSMUST00000199263 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
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Usf1Q61069 Gm44484-201ENSMUST00000199873 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
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Usf1Q61069 Gm44359-201ENSMUST00000200671 138 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 AC133183.1-201ENSMUST00000221229 429 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Ets1-201ENSMUST00000034534 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
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Usf1Q61069 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Usf1Q61069 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
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Usf1Q61069 Psmb1-201ENSMUST00000014913 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
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Usf1Q61069 Lrrc26-201ENSMUST00000028337 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
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Usf1Q61069 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Xrcc6-202ENSMUST00000100399 3296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Mrpl15-203ENSMUST00000130201 1894 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Eif5a-207ENSMUST00000108610 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Creb3l1-201ENSMUST00000028663 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Cog6-204ENSMUST00000193432 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Npcd-202ENSMUST00000089299 1453 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Edem1-201ENSMUST00000089162 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Kansl1l-201ENSMUST00000068168 4459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 9430038I01Rik-202ENSMUST00000117404 699 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Zfp810-203ENSMUST00000215202 822 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Nudt14-203ENSMUST00000221497 355 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ankrd39-201ENSMUST00000001172 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17 ms