Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm26803-201ENSMUST00000181705 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Klhl40-201ENSMUST00000098272 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm16998-201ENSMUST00000181899 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Mrps12-201ENSMUST00000056078 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Tead3-201ENSMUST00000114799 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Spata6-201ENSMUST00000038868 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Sgsm1-204ENSMUST00000112325 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Mtfr1l-202ENSMUST00000116279 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Tmem131-201ENSMUST00000027290 6546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Dyx1c1-201ENSMUST00000034734 1975 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gm9917-202ENSMUST00000181099 1499 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Osbpl1a-208ENSMUST00000121888 2674 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Nsmf-207ENSMUST00000116574 2863 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Bicdl1-201ENSMUST00000055408 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Abhd16a-201ENSMUST00000007251 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Nfe2l3-201ENSMUST00000005103 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Khsrp-201ENSMUST00000007814 3990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 4930448E22Rik-202ENSMUST00000215242 2102 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Arhgap21-201ENSMUST00000114594 7351 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Smurf2-201ENSMUST00000092517 3125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Hmg20b-213ENSMUST00000167481 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Simc1-201ENSMUST00000118072 2116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rbm12b2-202ENSMUST00000095143 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gpr137b-201ENSMUST00000021738 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rab11fip3-202ENSMUST00000120691 5103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Nox4-202ENSMUST00000068829 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rgs3-203ENSMUST00000098031 2072 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Tatdn2-202ENSMUST00000113022 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Marveld1-201ENSMUST00000061111 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Dgke-202ENSMUST00000107894 8347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Ivns1abp-203ENSMUST00000111887 2783 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Gm37055-201ENSMUST00000191866 133 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 AL672049.1-201ENSMUST00000197943 91 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 4930554C24Rik-202ENSMUST00000216019 1159 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim58Q5NCC9 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.1 ms