Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ccdc124-201ENSMUST00000007865 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Akap8l-201ENSMUST00000050214 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Arhgef10-201ENSMUST00000084207 5528 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Abcd4-201ENSMUST00000021666 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Chtf8-206ENSMUST00000177068 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Sytl3-201ENSMUST00000097430 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 9330151L19Rik-201ENSMUST00000181850 2545 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Vangl2-201ENSMUST00000027837 5698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Enoph1-202ENSMUST00000169390 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Inpp5f-201ENSMUST00000043138 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Antxr2-201ENSMUST00000031281 5656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ccnl1-201ENSMUST00000029416 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Htr5b-201ENSMUST00000055884 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Sh2b1-203ENSMUST00000205440 3089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Sar1a-201ENSMUST00000020285 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Jade2-202ENSMUST00000109090 6230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Clasrp-201ENSMUST00000086041 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Tmem260-201ENSMUST00000111735 5485 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gnal-201ENSMUST00000025402 5616 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Plekha8-202ENSMUST00000119706 6739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Rptor-201ENSMUST00000026671 6594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Dph1-201ENSMUST00000044949 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Uso1-201ENSMUST00000031355 3898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Rab6a-201ENSMUST00000032946 3214 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Rab35-201ENSMUST00000031492 2820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Sfrp1-201ENSMUST00000033952 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Flt1-203ENSMUST00000110529 6292 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Bicd2-201ENSMUST00000048544 6309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Pigt-201ENSMUST00000103101 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp39Q3TIX9 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp39Q3TIX9 Tnfrsf13c-201ENSMUST00000089161 1906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp39Q3TIX9 Tox2-205ENSMUST00000165937 1675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp39Q3TIX9 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp39Q3TIX9 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp39Q3TIX9 Rhobtb1-202ENSMUST00000067908 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp39Q3TIX9 Gbx1-201ENSMUST00000088311 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33 ms