Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Pisd-201ENSMUST00000061895 2183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Pih1d1-202ENSMUST00000107811 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Nfs1-202ENSMUST00000109600 709 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 D030044L04Rik-201ENSMUST00000204220 1291 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Impdh1-210ENSMUST00000162739 2471 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp13-208ENSMUST00000183698 1019 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Zfyve19-201ENSMUST00000090174 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Fam107b-203ENSMUST00000115053 688 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45890-204ENSMUST00000212356 545 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm5-203ENSMUST00000227441 610 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc174-201ENSMUST00000037783 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Tsen15-201ENSMUST00000015124 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Haus8-201ENSMUST00000035960 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Mst1-204ENSMUST00000162886 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-204ENSMUST00000102931 2830 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12644-201ENSMUST00000119935 606 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl27-201ENSMUST00000077856 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Ccdc88bQ4QRL3 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Tex30-206ENSMUST00000133677 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 AL731706.1-201ENSMUST00000227806 944 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Nmt2-203ENSMUST00000102989 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ppme1-201ENSMUST00000032963 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Haghl-201ENSMUST00000077938 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf13-209ENSMUST00000199041 1062 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr571-201ENSMUST00000061738 969 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt112-ps2-201ENSMUST00000117987 378 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Smim22-208ENSMUST00000185147 399 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5712-201ENSMUST00000199748 1043 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Coil-201ENSMUST00000036649 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc36-206ENSMUST00000216765 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 9330160F10Rik-201ENSMUST00000101007 2766 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37935-201ENSMUST00000192012 982 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 AC133183.1-201ENSMUST00000221229 429 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufb10-201ENSMUST00000045602 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Methig1-201ENSMUST00000075675 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Adck1-204ENSMUST00000222695 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Bmp6-201ENSMUST00000171970 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 1700020A23Rik-202ENSMUST00000110281 521 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rhoc-201ENSMUST00000002303 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Dars-202ENSMUST00000064309 645 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim4-202ENSMUST00000093109 962 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl1a-203ENSMUST00000118313 2893 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Proser2-201ENSMUST00000054254 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15165-201ENSMUST00000118140 502 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ascl2-202ENSMUST00000121862 814 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Uba52-203ENSMUST00000125184 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 AV026068-207ENSMUST00000187718 400 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43073-201ENSMUST00000198200 1189 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.9 ms