Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm14822-201ENSMUST00000122247 291 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Ighv1-15-201ENSMUST00000192077 351 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Arl3-201ENSMUST00000026009 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Emd-201ENSMUST00000002029 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Pik3ip1-202ENSMUST00000093399 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 B3gnt9-202ENSMUST00000136822 2516 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Ube2j2-203ENSMUST00000105581 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm15467-201ENSMUST00000120582 445 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Sssca1-203ENSMUST00000159693 705 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm29707-201ENSMUST00000196325 491 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Srrd-201ENSMUST00000031289 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Sec61b-201ENSMUST00000065678 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Hist1h2bg-201ENSMUST00000079251 618 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Hist1h2bn-201ENSMUST00000091709 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm11620-201ENSMUST00000118770 1845 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Qdpr-204ENSMUST00000120867 1234 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Acot1-201ENSMUST00000168120 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Wnt10b-204ENSMUST00000226655 1807 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Slc22a12-201ENSMUST00000113451 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Col5a1O88207 Urah-204ENSMUST00000185612 716 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm5186-201ENSMUST00000218781 920 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gnmt-201ENSMUST00000002846 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm11127-201ENSMUST00000113742 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Htr5b-201ENSMUST00000055884 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Enah-210ENSMUST00000193074 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm37194-201ENSMUST00000193092 3031 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Gm44123-201ENSMUST00000204662 577 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Tsfm-201ENSMUST00000040560 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Fam159a-201ENSMUST00000053157 593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 4930451I11Rik-201ENSMUST00000061695 481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Sh3glb1-205ENSMUST00000199854 1416 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Frmd5-203ENSMUST00000121219 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col5a1O88207 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22 ms