Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Tbx20-202ENSMUST00000166018 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Mycn-202ENSMUST00000130990 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr90-205ENSMUST00000176923 5666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Podxl2-201ENSMUST00000038409 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Fignl2-201ENSMUST00000178140 4206 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Racgap1-213ENSMUST00000171702 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpa-202ENSMUST00000113601 1838 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Calu-207ENSMUST00000173216 673 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 AC156832.2-201ENSMUST00000216217 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35d2-204ENSMUST00000222168 472 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gna11-201ENSMUST00000043604 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf112-202ENSMUST00000060255 3161 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Adra2a-201ENSMUST00000036700 3801 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Retreg1-201ENSMUST00000022881 3248 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Krtap1-4-201ENSMUST00000100479 593 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ets1-201ENSMUST00000034534 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Dhx30-224ENSMUST00000200066 4623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 A530016L24Rik-202ENSMUST00000223266 1547 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Fst-201ENSMUST00000022287 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna2d2-203ENSMUST00000164988 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Shc3-203ENSMUST00000223543 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc14-202ENSMUST00000127208 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Dmap1-201ENSMUST00000102687 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Psmd8-203ENSMUST00000186182 1512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Fam53a-201ENSMUST00000045329 2346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Coil-201ENSMUST00000036649 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17092-201ENSMUST00000166606 698 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Znhit1-202ENSMUST00000085941 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnq5-203ENSMUST00000115300 6975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ptges2-201ENSMUST00000028162 4978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Proser2-201ENSMUST00000054254 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Igsf23-201ENSMUST00000043440 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Lins1-203ENSMUST00000121777 2729 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Usp21-202ENSMUST00000111305 2278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Dlgap4-212ENSMUST00000169464 4851 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43272-201ENSMUST00000200599 1584 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20517-202ENSMUST00000132397 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Pgam1-ps2-201ENSMUST00000117129 765 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Ccdc3Q9D6Y1 Nt5c1a-201ENSMUST00000068262 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms